See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2024-07-09 04:47:35 -0400 (Tue, 09 Jul 2024).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocVersion (59079)
2GenomeInfoDb (57751)
3BiocGenerics (56047)
4S4Vectors (55008)
5zlibbioc (51638)
6IRanges (51220)
7XVector (48124)
8Biobase (47758)
9Biostrings (46244)
10DelayedArray (42993)
11GenomicRanges (42791)
12BiocParallel (41601)
13MatrixGenerics (39929)
14SummarizedExperiment (38239)
15S4Arrays (37283)
16AnnotationDbi (36748)
17KEGGREST (36034)
18limma (31492)
19SparseArray (27070)
20BiocFileCache (26290)
21Rhtslib (24600)
22GenomicAlignments (24042)
23Rhdf5lib (23726)
24biomaRt (23700)
25Rsamtools (23468)
26edgeR (22780)
27DESeq2 (21666)
28rtracklayer (21560)
29ggtree (20568)
30GenomicFeatures (20231)
31treeio (19941)
32rhdf5 (19735)
33BiocIO (19593)
34rhdf5filters (19080)
35graph (18547)
36annotate (17946)
37clusterProfiler (17760)
38DOSE (17354)
39enrichplot (17227)
40qvalue (17129)
41GOSemSim (16995)
42fgsea (16772)
43DelayedMatrixStats (16295)
44sparseMatrixStats (15596)
45beachmat (15389)
46SingleCellExperiment (14922)
47ComplexHeatmap (14270)
48preprocessCore (14099)
49BSgenome (13700)
50HDF5Array (12994)
51genefilter (12817)
52multtest (12409)
53BiocSingular (12144)
54ScaledMatrix (12025)
55ProtGenerics (11686)
56AnnotationHub (11451)
57AnnotationFilter (10534)
58BiocNeighbors (10477)
59impute (10440)
60ensembldb (9997)
61scuttle (9853)
62Rgraphviz (9839)
63interactiveDisplayBase (9720)
64VariantAnnotation (9471)
65RBGL (9454)
66GEOquery (9180)
67GSEABase (8680)
68affy (8483)
69affyio (8322)
70ExperimentHub (7598)
71sva (7116)
72scater (6896)
73geneplotter (6804)
74BiocStyle (6469)
75ShortRead (6316)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

0

00TABLE (1)

1

1imma (1)

5

54vectors (1)

A

a4 (88)
a4Base (138)
a4Classif (117)
a4Core (165)
a4Preproc (181)
a4Reporting (118)
aads.rnai (0)
ABAData (1)
ABAEnrichment (11)
abaenrichment (0)
ABarray (76)
abc (1)
abc.data (0)
abe (0)
abind (2)
abseqR (59)
ABSOLUTE (0)
ABSSeq (118)
acde (66)
ACE (89)
ace.fma (1)
acepack (2)
aCGH (213)
ACME (87)
ACTIONet (1)
actuar (1)
ada (1)
adabag (1)
ADaCGH2 (74)
ADAM (128)
ADAMgui (91)
adaptest (6)
AdaptGauss (1)
adductData (1)
adductomicsR (57)
ade4 (4)
adegenet (1)
adegraphics (1)
adephylo (1)
ADGofTest (1)
ADImpute (73)
aditools (1)
adjustedCurves (1)
admiral (1)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (19)
admixtools (0)
ADMM (1)
adSplit (72)
adverSCarial (35)
AER (1)
afex (1)
affio (0)
AffiXcan (57)
affxparser (1609)
affy (8483)
affycomp (97)
AffyCompatible (24)
affyContam (102)
affycoretools (403)
affydata (2)
AffyExpress (14)
affyILM (69)
affyio (8322)
affylmGUI (86)
affyPara (17)
affypdnn (15)
affyPLM (1178)
affyplm (0)
affyQCReport (20)
AffyRNADegradation (64)
AffyTiling (9)
AGDEX (67)
aggregateBioVar (72)
aggregation (0)
AGHmatrix (1)
Agi4x44PreProcess (5)
agilp (91)
AgiMicroRna (137)
agricolae (9)
AHMassBank (52)
AICcmodavg (1)
aigoraFitMini (1)
AIMS (426)
AIPW (1)
airpart (58)
airr (1)
airway (1)
akima (1)
alabama (1)
alabaster (46)
alabaster.base (753)
alabaster.bumpy (87)
alabaster.files (39)
alabaster.mae (92)
alabaster.matrix (734)
alabaster.ranges (716)
alabaster.sce (310)
alabaster.schemas (703)
alabaster.se (704)
alabaster.spatial (88)
alabaster.string (102)
alabaster.vcf (89)
alakazam (1)
ald (0)
ALDEx2 (1183)
aldvmm (1)
alembic (1)
alevinQC (86)
AlgDesign (2)
alkahest.generic (0)
ALL (11)
AllelicImbalance (102)
alluvial (1)
almanac (0)
AlphaBeta (57)
alphahull (1)
AlphaMissenseR (19)
alphashape3d (1)
alphavantager (1)
alpine (41)
ALPS (5)
AlpsNMR (66)
alr4 (1)
alsace (16)
altair (1)
altcdfenvs (118)
amap (1)
AMARETTO (132)
ambient (1)
Amelia (1)
AmesHousing (1)
amgen.okta.client (1)
amgsafetyvis (1)
amlogger (1)
AMOUNTAIN (94)
amplican (84)
ampliQueso (12)
AnalysisPageServer (8)
anamiR (8)
Anaquin (57)
ANCOMBC (1238)
AneuFinder (87)
aneufinder (1)
AneuFinderData (0)
aneufinderdata (1)
ANF (53)
angrycell (1)
animalcules (121)
animation (2)
annaffy (274)
AnnBuilder (2)
annbuilder (0)
anndata (1)
annmap (116)
AnnoProbe (1)
annotate (17946)
annotation (1)
AnnotationDbi (36748)
annotationdbi (1)
AnnotationFilter (10534)
AnnotationForge (2426)
AnnotationFuncs (18)
AnnotationHub (11451)
annotationhub (1)
AnnotationHubData (372)
annotationTools (129)
annotatr (473)
anota (87)
anota2seq (78)
anRichment (1)
anticlust (1)
antiProfiles (64)
AnVIL (573)
AnVILBilling (52)
AnVILPublish (53)
AnVILWorkflow (44)
anytime (5)
aod (1)
APAlyzer (70)
apcluster (1)
apComplex (67)
APCtools (1)
ape (34)
apeglm (3486)
apexcharter (1)
APL (132)
aplot (43)
appgen (1)
applera (1)
appreci8R (101)
aqp (1)
archive (1)
ArchR (1)
argparse (12)
argparser (1)
argus.DS.Credentials (2)
argusDS.apc.utils (2)
argusDS.backtesting.engine (2)
argusDS.data (2)
argusDS.data.engineering (1)
argusDS.data.preparation (2)
argusDS.data.preparation2 (4)
argusDS.data.visualisation (1)
argusDS.database (1)
argusDS.DataValidation (1)
argusDS.DB.manager.utilities (2)
argusDS.distributions (1)
argusDS.driver.importance (2)
argusDS.FCUtilities (2)
argusDS.FZ.SourceData (1)
argusDS.FZ.utils (1)
argusDS.gamboostLSS (1)
argusDS.gamlss.distributions (1)
argusDS.gamlss.forecast (2)
argusDS.gamlss.modelling (3)
argusDS.gamlss.smoothers (1)
argusDS.gamlss.testing (3)
argusDS.gamlss.utils (2)
argusDS.GlobalSettings (1)
argusDS.model.testing (1)
argusDS.model.tools (3)
argusDS.model.validation (1)
argusDS.modeldb (1)
argusDS.possibility.curves.daily (1)
argusDS.PossibilityCurves.db.utils (2)
argusDS.PossibilityCurves.utils (1)
argusDS.S3 (1)
argusDS.shiny.utils (2)
argusDS.signal.dataprep (1)
argusDS.smoothers (1)
argusDS.spread.trading.utils (3)
argusDS.Studio.APC (1)
argusDS.Studio.FC (1)
argusDS.Studio.MyStudio (2)
argusDS.Studio.permissions (2)
argusDS.Studio.utils (2)
argusDS.tabulator (2)
argusDS.trading.optimization (1)
argusDS.trading.performance (2)
argusDS.TradingSignals (1)
argusDS.UI (1)
argusDS.utilities (1)
aricode (1)
arm (3)
aroma.affymetrix (8)
aroma.apd (8)
aroma.core (8)
aroma.light (1978)
ArrayExpress (426)
arrayexpress (1)
ArrayExpressHTS (17)
arrayhelpers (1)
arrayMagic (2)
arrayMvout (63)
arrayop (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (122)
arrayQualityMetrics (498)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (18)
ArrayTV (15)
ARRmData (1)
ARRmNormalization (59)
arrow (20)
arsenal (1)
artMS (81)
arules (7)
ArvadosR (1)
ASAFE (50)
ASCAT (0)
ascii (1)
asciicast (1)
ASEB (59)
ASExtras4 (0)
ASGSCA (60)
ash (6)
ashr (2)
asht (1)
ASICS (87)
AsioHeaders (5)
askpass (167)
asmn (4)
asnipe (0)
ASpediaFI (7)
ASpli (102)
asremlPlus (0)
assert (1)
assertive (1)
assertive.base (1)
assertive.code (1)
assertive.data (1)
assertive.data.uk (1)
assertive.data.us (1)
assertive.datetimes (1)
assertive.files (1)
assertive.matrices (1)
assertive.models (1)
assertive.numbers (1)
assertive.properties (10)
assertive.reflection (1)
assertive.sets (1)
assertive.strings (1)
assertive.types (11)
assertr (2)
assertthat (2)
AssessORF (71)
ASSET (109)
ASSIGN (111)
AssotesteR (0)
astsa (1)
ASURAT (65)
ATACCoGAPS (47)
ATACseqQC (369)
ATACseqTFEA (64)
ATE (1)
atena (111)
AtlasRDF (9)
ATR (1)
atSNP (73)
attachment (4)
attempt (1)
attract (77)
AUC (1)
AUCell (2244)
audio (1)
audited (1)
autonomics (53)
Autotuner (6)
av (1)
ava2 (1)
AWFisher (61)
aws (1)
aws.ec2metadata (1)
aws.s3 (6)
aws.signature (6)
awsMethods (1)
awst (52)
azcore (1)
Azimuth (1)
AzureAuth (1)
AzureGraph (4)
AzureRMR (4)
AzureStor (1)

B

BaalChIP (60)
babelgene (4)
babelmixr2 (1)
babelwhale (1)
babynames (1)
BAC (17)
backports (63)
bacon (107)
bacr (0)
BADER (65)
badger (0)
BadRegionFinder (57)
BAGS (62)
baguette (1)
bain (1)
BalancedSampling (0)
ballgown (639)
bambu (284)
bamsignals (1114)
BANDITS (108)
bandle (63)
Banksy (38)
banocc (78)
barcodetrackR (56)
BART (1)
bartMachine (1)
bartMachineJARs (1)
base (1)
base2grob (1)
base64 (3)
base64enc (2)
base64url (1)
basecallQC (68)
basefun (1)
basemaps (1)
BaseSpaceR (66)
Basic4Cseq (66)
BASiCS (169)
BASiCStan (70)
BasicSTARRseq (57)
basilisk (4555)
basilisk.utils (4094)
batchelor (3844)
BatchJobs (1)
BatchQC (109)
batchtools (1)
battenberg (1)
BayesFactor (2)
BayesFM (1)
BayesianTools (0)
BayesKnockdown (58)
bayesm (9)
bayesmeta (1)
BayesPeak (17)
bayespeak (0)
BayesPen (0)
bayesplot (12)
BayesPostEst (1)
bayesQR (1)
BayesSpace (230)
bayestestR (6)
BayesX (1)
bayNorm (82)
baySeq (446)
bayseq (1)
BB (1)
BBCAnalyzer (59)
BBmisc (1)
bbmle (11)
bbotk (1)
bbr (1)
bbr.bayes (1)
BCEE (0)
bcellViper (1)
bcp (1)
BCRANK (73)
bcSeq (61)
BDgraph (0)
BDMMAcorrect (33)
bdsmatrix (10)
BE (1)
beachmat (15389)
beachmat.hdf5 (57)
beadarray (717)
beadarraySNP (52)
BeadDataPackR (663)
BeadExplorer (2)
beanplot (1)
BEARscc (57)
BEAT (63)
beaver (1)
BEclear (71)
bedr (0)
beepr (1)
beer (58)
beeswarm (1)
bench (1)
benchdamic (87)
benchmarkme (1)
benchmarkmeData (1)
benchr (1)
BentoBox (0)
berryFunctions (1)
BERT (16)
Bessel (1)
bestglm (1)
bestNormalize (2)
betaHMM (14)
betareg (1)
betr (10)
bettermc (1)
bettr (13)
BeviMed (0)
bezier (1)
BG2 (45)
bgafun (13)
BgeeCall (47)
BgeeDB (120)
BGLR (1)
BGmix (23)
bgs.hermes (1)
bgx (65)
BH (161)
BHC (83)
BIApylon (1)
BiasedUrn (14)
BIAutils (1)
bib2df (1)
bibtex (2)
BicARE (135)
biclust (0)
BIEN (1)
bife (1)
BiFET (58)
biganalytics (0)
bigassertr (1)
bigD (1)
bigdist (0)
BiGGR (68)
BIGL (1)
biglasso (1)
biglm (1)
biglmm (1)
bigmelon (65)
bigmemory (1)
bigmemory.sri (1)
bigmemoryExtras (15)
bigparallelr (1)
bigPint (33)
bigreadr (0)
bigrquery (16)
bigsnpr (0)
bigsparser (0)
bigstatsr (1)
bigutils (0)
bigutilsr (1)
billboarder (8)
bim (2)
BiMax (1)
BindingSiteFinder (58)
bindr (1)
bindrcpp (1)
binGroup (1)
binman (2)
binom (1)
binr (0)
bio3d (4)
bioassayR (77)
biobank (1)
Biobase (47758)
biobase (1)
BioBase (1)
biobroom (196)
biobtreeR (52)
bioc::GenomeInfoDbData (0)
bioCancer (73)
BioCartaImage (34)
BiocBaseUtils (5696)
BiocBook (43)
BiocBookDemo (3)
BiocCaseStudies (16)
BiocCheck (1650)
biocDatasets (2)
BiocDockerManager (18)
BiocFHIR (47)
BiocFileCache (26290)
BiocFileCaches (1)
BiocGenerics (56047)
BioCGenerics (0)
biocGraph (174)
BiocHail (39)
BiocHubsShiny (82)
BiocInstaller (423)
biocinstaller (2)
BiocInstallerf (0)
BiocIO (19593)
BiocManager (239)
biocmanager (1)
BiocNeighbors (10477)
biocneighbors (1)
BiocOncoTK (76)
Bioconductor (1)
bioconductor (1)
bioconductor-geomxtools (0)
BioCor (82)
BiocParallel (41601)
BiocPkgTools (159)
biocroxytest (25)
BiocSet (239)
BiocSingular (12144)
BiocSklearn (74)
BiocStyle (6469)
biocthis (234)
BiocVersion (59079)
Biocversion (1)
biocversion (1)
biocViews (4246)
BiocWorkflowTools (176)
biodb (193)
biodbChebi (85)
biodbExpasy (49)
biodbHmdb (60)
biodbKegg (67)
biodbLipidmaps (42)
biodbMirbase (32)
biodbNcbi (52)
biodbNci (47)
biodbUniprot (51)
bioDist (259)
BioGA (1)
Biogenerics (1)
BioGenerics (1)
biom (0)
biomanager (1)
biomaRt (23700)
biomart (0)
biomartr (1)
BioMedR (3)
biomformat (5545)
BioMM (19)
biomod2 (1)
BioMVCClass (61)
biomvRCNS (60)
BioNAR (67)
BioNERO (273)
BioNet (279)
BioNetStat (77)
BioPlex (4)
BioQC (117)
BioSeqClass (17)
biosigner (83)
biostat3 (1)
biostatR (1)
biostatUtil (0)
Biostring (1)
Biostrings (46244)
biostrings (0)
biosvd (13)
BioTIP (69)
biotmle (62)
biotools (1)
BioVersion (0)
biovizBase (5513)
BiplotML (1)
BiRewire (119)
birta (17)
birte (7)
biscuiteer (66)
biscuiteerData (1)
BiSeq (147)
bit (59)
bit64 (11)
bitops (8)
BitSeq (22)
bizdays (2)
bkbutils (1)
blacksheepr (60)
bladderbatch (1)
BlakerCI (1)
blastula (1)
blavaan (1)
blima (57)
BLMA (71)
blme (6)
blob (87)
blockcluster (1)
blockCV (1)
blockForest (1)
blockmodeling (1)
blogdown (0)
BloodGen3Module (135)
bluster (5140)
BMA (1)
bmcite.SeuratData (1)
BMisc (1)
BMix (0)
bmp (1)
bmspal (1)
bnbc (131)
bnem (60)
bnlearn (2)
BOBaFIT (58)
BOIN (1)
bold (1)
bookdown (37)
Boom (1)
boomer (1)
BoomSpikeSlab (1)
boot (54)
bootstrap (1)
borealis (53)
Boruta (0)
botor (1)
box (11)
BPCells (1)
bpcp (1)
BPRMeth (93)
BPSC (1)
bRacatus (1)
BradleyTerry2 (1)
BRAIN (112)
brainflowprobes (47)
brainImageR (2)
BrainSABER (8)
BrainStars (15)
branchpointer (74)
brave (1)
breakpointR (62)
breakpointRdata (1)
brendaDb (53)
brew (61)
BREW3R.r (12)
BRGenomics (142)
brglm (1)
brglm2 (1)
bricks (0)
brickster (0)
bridge (17)
BridgeDbR (80)
bridgedist (0)
bridgesampling (1)
brio (96)
brms (1)
brmsmargins (1)
broadSeq (2)
Brobdingnag (1)
broman (1)
broom (104)
broom.helpers (8)
broom.mixed (1)
broomExtra (1)
BrowserViz (173)
BrowserVizDemo (3)
bs4Dash (10)
BSgenome (13700)
bsgenome (0)
BSGenome (0)
BSgenome.Celegans.UCSC.ce2 (1)
BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3 (6)
BSgenome.Drerio.UCSC.danRer11 (1)
BSgenome.Ggallus.ENSEMBL.galGal6 (1)
BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5 (1)
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (7)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (12)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38.dbSNP151.major (1)
BSgenome.Mmul10.SIVmac251 (1)
BSgenome.Mmulatta.NCBI.mmul10.tmp (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 (7)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm39 (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
BSgenome.Oaries.ENSEMBL.RambV2 (1)
BSgenome.Omela.CUSTOM.oenMel1.1 (1)
BSgenomeForge (111)
BSgenomes (1)
bsicons (3)
bslib (293)
bsplus (1)
bsseq (1434)
bst (0)
bsts (1)
btergm (1)
BubbleTree (72)
BuenColors (1)
BufferedMatrix (96)
BufferedMatrixMethods (62)
bugsigdbr (162)
BUMHMM (69)
bumphunter (2751)
BumpyMatrix (558)
BUS (61)
BUScorrect (52)
BUSpaRse (196)
BUSseq (50)
butcher (3)
bvls (1)
BWStest (2)

C

C50 (1)
ca (5)
CAbiNet (1)
cache (1)
cachem (195)
CaDrA (35)
CAEN (46)
CAFE (73)
CAGEfightR (169)
cageminer (61)
CAGEr (134)
cAIC4 (1)
Cairo (12)
CALIB (15)
calib (0)
calibrate (1)
callr (151)
callthat (0)
calm (46)
CAM (1)
CAMERA (499)
campsis (1)
campsismod (1)
CAMTHC (4)
CaMutQC (14)
canceR (87)
cancerclass (79)
CancerInSilico (17)
CancerMutationAnalysis (15)
CancerSubtypes (101)
CAnD (10)
candisc (1)
canvasXpress (1)
caOmicsV (8)
caper (1)
capsidr (1)
capushe (1)
car (35)
carData (2)
cardelino (62)
Cardinal (173)
CardinalIO (128)
caret (31)
caretEnsemble (1)
CARNIVAL (145)
carrier (1)
casebase (1)
casper (63)
castor (2)
CATALYST (504)
catboost (1)
catdata (1)
Category (1921)
category (1)
categoryCompare (72)
caTools (4)
CATT (0)
causaldata (1)
CausalR (68)
cba (1)
cbaf (63)
CBEA (109)
cBioPortalData (430)
CBNplot (138)
cbpManager (55)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (10)
ccdrAlgorithm (1)
ccDSM (1)
ccfindR (96)
ccImpute (50)
ccmap (80)
CCPlotR (45)
CCPROMISE (64)
ccrepe (91)
ccube (0)
CDI (34)
cdip.datastore (1)
CDr (0)
celaref (73)
celda (683)
CellaRepertorium (51)
CellBarcode (65)
cellbaseR (74)
CellBench (134)
CellChat (1)
celldex (2)
cellGrowth (13)
cellHTS (11)
cellHTS2 (217)
CelliD (249)
cellity (63)
CellMapper (65)
cellmigRation (49)
CellMixS (81)
CellNOptR (194)
cellnoptr (0)
cellranger (1)
cellscape (44)
CellScore (52)
CellTrails (56)
cellTree (14)
cellxgene.census (1)
cellxgenedp (103)
cem (1)
CEMiTool (144)
censcyt (59)
censored (1)
censReg (1)
Cepo (169)
ceRNAnetsim (49)
CeTF (82)
CexoR (64)
CFAssay (52)
cfdnakit (47)
cfDNAPro (59)
cfTools (47)
cgam (1)
cgdsr (1)
CGEN (65)
CGHbase (432)
CGHcall (396)
cghFLasso (0)
cghMCR (68)
CGHnormaliter (70)
CGHregions (83)
ChAMP (564)
chAMP (1)
ChAMPdata (1)
changepoint (1)
chanmetab (1)
CHARGE (6)
charm (16)
checkmate (161)
checkr (1)
ChemmineOB (322)
ChemmineR (841)
chemometrics (1)
CHETAH (99)
ChIC (18)
Chicago (95)
chihaya (62)
chimera (19)
chimeraviz (105)
ChIPanalyser (56)
ChIPComp (64)
chipenrich (159)
ChIPexoQual (68)
ChIPpeakAnno (1011)
chippeakanno (0)
ChIPQC (353)
ChIPseeker (1837)
chipseeker (1)
chipseq (630)
ChIPseqR (85)
ChIPSeqSpike (9)
ChIPsim (86)
ChIPXpress (103)
chk (3)
chopsticks (94)
CHORD (0)
choroplethr (1)
chroGPS (14)
chromDraw (57)
ChromHeatMap (126)
chromote (7)
ChromoViz (2)
chromPlot (150)
ChromSCape (68)
chromstaR (89)
chromstaRData (1)
chromswitch (22)
chromVAR (1134)
chron (3)
CHRONOS (58)
cibersort (1)
cicero (212)
CIMICE (53)
CINdex (73)
cindex (0)
circlesize (0)
circlize (36)
circRNAprofiler (73)
CircSeqAlignTk (55)
circular (0)
cisPath (58)
CiteFuse (89)
Ckmeans.1d.dp (1)
clariomdhumancdf (1)
class (47)
ClassDiscovery (1)
ClassifyR (306)
classInt (36)
cleanrmd (1)
cleanUpdTSeq (107)
cleaver (197)
clevRvis (53)
cli (239)
CLIFF (1)
clinfun (1)
ClinicalQc (1)
clinPK (0)
ClinViz (1)
clippda (65)
clipper (101)
clipr (19)
cliProfiler (50)
cliqueMS (114)
clisymbols (1)
clock (18)
Clomial (56)
Clonality (29)
clonotypeR (19)
clst (95)
clstutils (63)
clubSandwich (1)
clue (39)
CluMSID (67)
ClustAll (13)
clustComp (64)
cluster (74)
clusterCrit (1)
clusterExperiment (353)
clusterexperiment (1)
ClusterFoldSimilarity (15)
clusterGeneration (3)
ClusterJudge (55)
clustermq (3)
clusterprofielr (0)
clusterProfiler (17760)
clusterprofiler (1)
ClusterProfiler (1)
ClusterR (1)
clusterRepro (0)
clusterSeq (46)
ClusterSignificance (58)
clusterSim (1)
clusterStab (79)
ClusterTools (1)
clusthaplo (0)
clustifyr (142)
ClustIRR (36)
clustMixType (1)
ClustOfVar (0)
clustree (2)
clv (1)
clValid (1)
CMA (116)
cmapR (399)
CMAverse (1)
cmdstanr (1)
CMplot (1)
cmprsk (4)
CmsAnalytics (1)
cn.farms (66)
cn.mops (263)
CNAnorm (67)
CNAqc (0)
CNEr (3340)
CNORdt (67)
CNORfeeder (72)
CNORfuzzy (69)
cNORM (0)
CNORode (93)
CNPBayes (7)
CNTools (134)
cntools (1)
CNVfilteR (60)
CNVgears (27)
cnvGSA (66)
CNViz (54)
CNVMetrics (52)
CNVPanelizer (62)
CNVRanger (126)
CNVrd2 (64)
CNVtools (13)
coastr (1)
cobalt (2)
cobindR (13)
cobs (1)
CoCiteStats (57)
COCOA (71)
coda (17)
coda.base (1)
codelink (77)
codetools (56)
CODEX (103)
coexnet (13)
CoGAPS (271)
cogena (87)
cogeqc (68)
Cogito (49)
coGPS (59)
COHCAP (56)
coin (2)
cola (132)
collapse (1)
collections (1)
CollessLike (0)
colMeans (1)
coloc (19)
colorfulVennPlot (1)
colorRamps (10)
colorspace (46)
colortools (1)
colourpicker (8)
colourvalues (1)
cols4all (1)
comapr (60)
combi (73)
combinat (1)
coMET (83)
coMethDMR (57)
ComICS (0)
commentr (1)
common (1)
CommonJavaJars (1)
commonmark (155)
compareDF (1)
compareGroups (1)
compartmap (34)
COMPASS (80)
compcodeR (85)
compEpiTools (72)
CompGO (13)
compiler (1)
ComplexHeatmap (14270)
complexheatmap (1)
complexHeatmap (1)
ComplexUpset (1)
compositions (2)
CompoundDb (279)
CompQuadForm (1)
ComPrAn (44)
compSPOT (29)
compute.es (1)
concaveman (1)
conclus (6)
concordexR (69)
condcomp (3)
condiments (92)
conditionz (1)
condMVNorm (1)
coneproj (1)
conf.design (1)
CONFESS (62)
config (25)
configr (1)
confintr (1)
conflicted (14)
confoundr (1)
connectapi (1)
connectwidgets (1)
conquer (2)
consensus (52)
ConsensusClusterPlus (2989)
consensusClustR (1)
consensusDE (71)
consensusOV (113)
consensusSeekeR (105)
consICA (120)
consort (1)
ConsRank (1)
CONSTANd (51)
contentid (1)
contfrac (1)
contiBAIT (49)
conumee (153)
convert (149)
coop (1)
CoordinateCleaner (1)
copa (59)
COPDSexualDimorphism (3)
copula (3)
CopyhelpeR (1)
copykat (1)
copynumber (136)
CopyNumber450k (8)
CopyNumberPlots (153)
CopywriteR (25)
coRdon (175)
CoRegFlux (3)
CoRegNet (41)
CoreGx (367)
Cormotif (60)
CorMut (14)
coRNAi (11)
corncob (1)
coro (1)
corpcor (2)
corpora (1)
corral (76)
correlation (3)
CORREP (49)
corrplot (3)
corrr (1)
coseq (124)
COSG (1)
CoSIA (49)
cosmiq (69)
cosmo (3)
cosmoGUI (3)
cosmosR (69)
COSNet (52)
COTAN (73)
CountClust (11)
countrycode (12)
countsimQC (167)
covEB (51)
coveffectsplot (1)
CoverageView (68)
coverageview (1)
covr (32)
covRNA (57)
CovSel (0)
cowplot (75)
coxme (1)
coxphf (1)
CoxPhLb (1)
coxphw (1)
cplm (1)
cpm (1)
cpp11 (212)
cpvSNP (59)
cqn (290)
cranlogs (1)
crayon (94)
crch (1)
createKEGGdb (1)
creatr (1)
credentials (41)
crew (3)
crew.cluster (1)
CRImage (83)
CRISPR.shinyapp (0)
CRISPRball (16)
crisprBase (161)
crisprBowtie (154)
crisprBwa (61)
crisprDesign (135)
crisprScore (164)
CRISPRseek (161)
crisprseekplus (28)
crisprShiny (15)
CrispRVariants (133)
crisprVerse (71)
crisprViz (115)
crlmm (251)
cronR (1)
crop (1)
crossdes (1)
CrossICC (3)
crossmatch (1)
crossmeta (173)
crosstable (1)
crosstalk (111)
crrri (0)
crrry (0)
crul (34)
CSAR (79)
csar (1)
csaw (604)
csawBook (4)
csdR (47)
csSAM (0)
CSSP (26)
CSSQ (49)
csv (1)
ctc (283)
CTdata (44)
CTDquerier (55)
CTexploreR (16)
ctgGEM (5)
ctmle (0)
cTRAP (71)
ctree (0)
ctsGE (60)
CTSV (53)
cubature (1)
cubelyr (0)
Cubist (1)
cummeRbund (226)
cummerbund (1)
CuratedAtlasQueryR (54)
curatedMetagenomicData (0)
curatedTCGAData (1)
curl (366)
customCMPdb (55)
customProDB (84)
cvar (1)
cvAUC (1)
CVE (6)
cvms (1)
CVST (1)
CVXR (1)
cxAnalysis (0)
cyanoFilter (53)
cycle (62)
cyclocomp (21)
cydar (88)
cyphr (1)
cypress (12)
CytoDx (71)
cytofast (5)
cytofit (1)
cytofkit (23)
CyTOFpower (53)
cytofQC (56)
CytoGLMM (98)
cytoKernel (48)
cytolib (2794)
cytomapper (314)
CytoMDS (13)
cytoMEM (94)
CytoML (456)
CytoPipeline (92)
CytoPipelineGUI (31)
CytoTRACE (1)
CytoTree (15)
cytoviewer (99)

D

D0.db (0)
D2C (1)
d3Network (0)
d3r (1)
d3treeR (1)
dada2 (2262)
dae (0)
daff (1)
dagitty (1)
dagLogo (84)
DAISIE (1)
DALEX (1)
DALEX2 (1)
daMA (58)
DAMEfinder (59)
DaMiRseq (122)
Damsel (4)
DAPAR (133)
dapr (1)
dar (15)
DART (64)
DASC (2)
DASiR (8)
dasnormalize.iomel (1)
dasper (16)
dastools (1)
data.table (228)
data.tree (12)
DatabaseConnector (1)
DataEditR (0)
DataExplorer (1)
dataMaid (1)
datamods (8)
DataOmnio (1)
datapasta (1)
datapipeline (1)
datasets (1)
DataVisualizations (1)
datawizard (9)
date (1)
DAVIDQuery (7)
dbaccess (1)
dbarts (2)
DBChIP (17)
DBI (231)
DBItest (1)
dblplyr (1)
dbplyr (168)
dbscan (5)
dbx (8)
dcanr (126)
dcat (1)
DCATS (41)
DCchoice (1)
dcdatr (1)
dce (68)
dcGSA (53)
DChIPRep (9)
ddalpha (1)
DDCompanion (1)
ddCt (92)
ddgraph (11)
ddpcr (0)
ddPCRclust (74)
deal (0)
dearseq (174)
debCAM (62)
debrowser (178)
debugme (1)
DECENT (1)
DECIPHER (2848)
decipher (1)
DecisionCurve (1)
deco (10)
DEComplexDisease (10)
decompTumor2Sig (129)
deconfectHelpers (1)
DeconRNASeq (220)
deconstructSigs (1)
decontam (1684)
decontX (110)
deconvR (67)
decor (1)
decoupleR (1011)
decoupler (1)
DEDS (14)
Deducer (1)
DeepBlueR (42)
DeepPINCS (82)
deepregression (1)
deepSNV (162)
DeepTarget (2)
deeptime (1)
DEFormats (255)
DegCre (13)
DegNorm (59)
DEGraph (68)
degraph (1)
degreenet (1)
DEGreport (588)
DEGseq (163)
degseq (1)
Delaporte (1)
DelayedArray (42993)
DelayedDataFrame (65)
DelayedMatrixStats (16295)
DelayedRandomArray (92)
DelayedTensor (51)
deldir (50)
DELocal (60)
deltaCaptureC (50)
deltaGseg (57)
DeMAND (52)
DeMixT (97)
demuxmix (229)
demuxSNP (41)
dendextend (25)
dendroextras (0)
DendSer (1)
dendsort (0)
densEstBayes (7)
densityClust (1)
densvis (2916)
DEoptim (1)
DEoptimR (25)
DEP (500)
dep (1)
DepecheR (115)
DepInfeR (47)
depmap (1)
DeProViR (12)
DEqMS (226)
derfinder (571)
derfinderHelper (569)
derfinderPlot (146)
Deriv (1)
desc (116)
DEScan2 (67)
descr (1)
descsuppR (1)
DescTools (17)
DESeq (188)
deseq (0)
DESEQ (1)
DESeq2 (21666)
deseq2 (1)
designmatch (1)
DEsingle (247)
deSolve (22)
DESpace (58)
destiny (686)
DEsubs (59)
devEMF (1)
devtools (34)
devutils (1)
DEWSeq (58)
DEXICA (0)
DExMA (62)
DEXSeq (1527)
dexus (18)
dfidx (1)
dfoptim (1)
DFP (57)
DHARMa (1)
diagram (1)
DiagrammeR (3)
DiagrammeRsvg (1)
DIAlignR (57)
dials (13)
DiceDesign (10)
DiceKriging (1)
diceR (1)
dichromat (3)
did (1)
DiffBind (1073)
diffcoexp (192)
diffcyt (371)
diffdf (1)
DifferentialRegulation (54)
diffGeneAnalysis (57)
diffHic (104)
DiffLogo (65)
diffloop (26)
diffobj (3)
diffuStats (67)
diffUTR (53)
diffviewer (1)
digest (323)
diggit (54)
digitalDLSorteR (1)
dimRed (1)
Dino (57)
dinoR (13)
diptest (3)
dir.expiry (4079)
directlabels (2)
Director (47)
DirichletMultinomial (4684)
discordant (84)
DiscoRhythm (65)
DiscriMiner (0)
disk.frame (1)
dismo (1)
distances (1)
distill (1)
distillery (0)
distinct (230)
distory (1)
distr (0)
distr6 (1)
distrEx (0)
distributional (15)
DistributionUtils (2)
distro (1)
dittodb (1)
dittoSeq (1441)
DiurnalMRI (1)
divergence (46)
diveRsity (0)
djvdj (0)
dks (53)
dlm (1)
dlookr (1)
dlstats (0)
dm (1)
DMCFB (44)
DMCHMM (54)
DMRcaller (83)
DMRcate (869)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (25)
DMRScan (50)
dmrseq (202)
DMwR (1)
DNABarcodeCompatibility (46)
DNABarcodes (165)
DNAcopy (5130)
dnacopy (1)
DNAfusion (49)
DNaseR (5)
DNAshapeR (78)
dndscv (0)
dnet (1)
do (0)
DO.db (8)
doBy (3)
dockerfiler (1)
docopt (6)
DoE.base (1)
DoEstRare (0)
doFuture (1)
domainsignatures (12)
doMC (2)
DominoEffect (59)
doMPI (1)
doParallel (12)
doppelgangR (138)
DOQTL (10)
doRedis (1)
doRNG (3)
dorothea (1)
Doscheda (62)
DOSE (17354)
Dose (1)
DoseFinding (1)
doseR (50)
doSNOW (1)
dotCall64 (7)
dotplot (1)
dotwhisker (1)
DoubletFinder (1)
doubletrouble (65)
downlit (49)
downloader (1)
downloadthis (1)
dparser (1)
DPClust (0)
dpclust3p (0)
dpeak (23)
dplyr (234)
dplyrb (1)
dqrng (44)
dr (0)
drake (9)
drat (1)
drawProteins (190)
drc (1)
DRDID (1)
dream (0)
dreamerr (1)
dreamlet (52)
drgee (1)
DRIMSeq (299)
DriverNet (59)
DropletUtils (2614)
drosophila2probe (1)
DRR (1)
drugfindR (0)
drugTargetInteractions (60)
DrugVsDisease (137)
dSimer (7)
dsr (3)
DSS (906)
dStruct (49)
DT (197)
DTA (86)
dtangle (0)
dtplyr (40)
DTRreg (0)
dttr2 (1)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (16)
duckdb (2)
duct.tape (1)
dummies (0)
Dune (48)
dunn.test (1)
DupChecker (6)
dupRadar (108)
dwrPlus (1)
dyebias (62)
dygraphs (1)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (1295)
dynfeature (1)
dynlm (1)
dynplot (1)
dynpred (1)
dynsbm (1)
dynwrap (1)

E

e1071 (51)
earth (3)
easier (142)
EasyABC (0)
easyalluvial (1)
EasyCellType (58)
easyENTIM (1)
easylift (37)
easypar (0)
EasyqpcR (16)
easyreporting (54)
easyRNASeq (183)
easystats (3)
ebal (1)
EBarrays (223)
EBcoexpress (78)
EBImage (2700)
ebimage (1)
EBSEA (51)
EBSeq (407)
EBSeqHMM (47)
Ecdat (1)
Ecfun (1)
echarts4r (11)
ecodist (1)
ecolitk (60)
ECOSolveR (1)
ecospat (1)
Ecume (1)
EDASeq (1791)
edd (3)
EDDA (16)
edge (101)
edgeR (22780)
edger (1)
EDIRquery (41)
eds (355)
eegc (79)
effects (1)
effectsize (6)
EGAD (65)
egg (6)
egor (1)
EGSEA (150)
eha (1)
eiR (68)
eisa (15)
eisaR (112)
elasticsearchr (1)
ELBOW (15)
ellipse (29)
ellipsis (14)
elliptic (1)
ELMER (179)
ELMER.data (1)
emayili (2)
embed (1)
EMD (1)
emdbook (12)
emdist (1)
EMDomics (73)
emmeans (81)
EMMREML (0)
EmpiricalBrownsMethod (132)
emstreeR (1)
emulator (1)
EMVS (1)
enc (0)
encode (1)
ENCODExplorer (8)
encryptr (0)
energy (1)
engitix.singlecell.db (1)
engitomixmk2 (0)
english (1)
EnhancedVolcano (4338)
enhancedvolcano (0)
enhancerHomologSearch (56)
EnMCB (54)
ENmix (218)
enmSdmX (1)
ENMTools (1)
EnrichedHeatmap (582)
EnrichmentBrowser (568)
enrichplot (17227)
enrichPlot (1)
enrichR (1)
enrichTF (67)
enrichViewNet (43)
enrichwith (1)
EnsDb.Hsapiens.v75 (6)
EnsDb.Hsapiens.v79 (6)
EnsDb.Hsapiens.v86 (6)
EnsDb.Mmusculus.v79 (1)
ensembldb (9997)
ensemblVEP (162)
ensurer (0)
entropy (2)
envalysis (1)
ENVISIONQuery (13)
EnvStats (1)
Epi (3)
epialleleR (59)
EpiCluster (0)
EpiCompare (49)
epidecodeR (48)
EpiDISH (600)
epigenomix (64)
epigraHMM (57)
epihet (9)
EpiMix (51)
epimutacions (59)
epiNEM (148)
EpiNow2 (3)
epiR (3)
epiregulon (13)
epiregulon.extra (13)
epistack (52)
epistasisGA (44)
EpiStats (1)
epitools (1)
EpiTxDb (87)
epivizr (122)
epivizrChart (58)
epivizrData (131)
epivizrServer (147)
epivizrStandalone (62)
epuRate (1)
eq5d (1)
equatags (1)
equate (1)
equivalence (1)
erccdashboard (67)
ergm (1)
ergm.count (0)
ergm.multi (1)
erify (1)
erma (96)
errorlocate (1)
ERSSA (51)
esATAC (93)
escape (369)
escheR (114)
esetVis (75)
esquisse (3)
estimability (21)
estimatr (1)
estmeansd (1)
etm (1)
eudysbiome (48)
eulerr (1)
europepmc (1)
evaluate (323)
EValue (2)
evaluomeR (53)
evd (3)
EventPointer (66)
eventTrack (1)
EVMS (1)
EWCE (154)
ewfutils (1)
Exact (1)
exact2x2 (1)
exactci (1)
exactextractr (1)
exactRankTests (2)
excelR (1)
ExCluster (46)
ExiMiR (60)
exomeCopy (290)
ExomeDepth (1)
exomePeak (20)
exomePeak2 (98)
exonfindR (0)
exonmap (3)
ExperimentHub (7598)
ExperimentHubData (298)
ExperimentSubset (56)
expint (1)
explorase (14)
explore (1)
ExploreModelMatrix (159)
ExplorOMICS (1)
expm (18)
ExpressionAtlas (176)
ExpressionView (16)
exprExternal (1)
expsmooth (0)
expss (6)
externalVector (3)
extraChIPs (70)
extraDistr (7)
extrafont (2)
extrafontdb (1)
extraInserts (1)
extraoperators (1)
extraTrees (0)
extRemes (0)

F

faahKO (1)
fabia (178)
fable (1)
fabletools (3)
facets (0)
facopy (6)
factDesign (56)
factoextra (4)
FactoInvestigate (1)
FactoMineR (27)
Factoshiny (1)
factR (55)
faers (16)
fail (0)
fairhub.metadata (1)
fairhub.r.client (1)
fakepackage (1)
FamAgg (76)
famat (60)
fANCOVA (1)
fansi (227)
faraway (1)
farms (45)
farver (70)
fastcluster (5)
fastDummies (23)
fasterize (1)
fastGHQuad (1)
fastICA (10)
fastLiquidAssociation (56)
fastmap (132)
fastmatch (22)
fastmatrix (1)
FastqCleaner (82)
fastqcr (1)
fastreeR (72)
fastseg (758)
fastshap (1)
fasttime (1)
fastverse (1)
faux (1)
fauxpas (1)
fBasics (2)
fbat (3)
FCBF (41)
fCCAC (56)
fCI (54)
fcoex (74)
fcScan (55)
FD (1)
fda (10)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (5)
fdrame (53)
fdrtool (2)
fds (6)
FEAST (115)
feasts (3)
feather (1)
FeatSeekR (42)
feature (7)
FedData (0)
fedup (52)
feisr (1)
FELLA (129)
FEM (21)
fenr (36)
fExtremes (5)
ff (18)
ffbase (0)
FField (0)
ffpe (72)
fftw (1)
fftwtools (1)
fGarch (4)
fgga (50)
FGNet (114)
fgsea (16772)
fido (1)
fields (5)
filehash (0)
filelock (63)
filesstrings (1)
FilterFFPE (49)
finalfit (1)
findIPs (11)
FindIT2 (57)
FindMyFriends (11)
findpython (12)
fineimp (0)
finetune (1)
fingerprint (1)
FISHalyseR (52)
fishHook (0)
fishMod (0)
fishpond (276)
fit.models (1)
fitdistrplus (19)
FitHiC (65)
fixest (1)
flagme (60)
flair (1)
FLAMES (77)
flashClust (1)
flexclust (1)
flexdashboard (2)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flexsurvcure (1)
flextable (24)
flipflop (14)
float (1)
flock (1)
flowAI (555)
flowBeads (64)
flowBin (70)
flowcatchR (60)
flowCHIC (62)
flowCL (19)
flowClean (201)
flowClust (820)
flowclust (1)
flowCore (2881)
flowcore (0)
FlowCore (1)
flowCut (105)
flowCyBar (56)
flowDensity (263)
flower (1)
flowFit (15)
flowFlowJo (6)
flowFP (162)
flowGate (73)
flowGraph (52)
flowMap (45)
flowMatch (71)
flowMeans (158)
flowMerge (140)
flowPeaks (182)
flowPhyto (5)
flowPloidy (65)
flowPlots (59)
flowQ (10)
flowQB (17)
FlowRepositoryR (10)
FlowSOM (1084)
FlowSorted.Blood.450k (1)
FlowSorted.Blood.EPIC (10)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (10)
flowSpecs (71)
flowSpy (4)
flowStats (518)
flowTime (66)
flowTrans (86)
flowType (16)
flowUtils (40)
flowViz (1046)
flowVS (101)
flowWorkspace (1296)
flowworkspace (1)
flowWorkspaceData (1)
flux (1)
fma (0)
fmcsR (268)
FME (1)
fmrs (120)
fmsb (1)
FMStable (1)
fmtr (1)
FNN (86)
fobitools (51)
focalCall (6)
foghorn (1)
FoldGO (28)
fontawesome (107)
fontBitstreamVera (1)
fontcm (1)
fontLiberation (1)
fontquiver (1)
forcats (22)
foreach (7)
forecast (8)
foreign (55)
forestmodel (1)
forestplot (1)
forestploter (1)
fork (1)
formatR (32)
formattable (1)
formatters (4)
Formula (14)
formula.tools (1)
forrester.metadata (0)
fortunes (1)
fossil (0)
FourCSeq (11)
fpc (20)
fpp (0)
fracdiff (4)
FragPipeAnalystR (1)
frailtypack (3)
FRASER (111)
freetypeharfbuzz (1)
frenchFISH (44)
fresh (7)
FrF2 (1)
FRGEpistasis (58)
frictionless (1)
frma (158)
frmaTools (75)
fs (195)
FSA (1)
FScanR (22)
fst (1)
fstcore (1)
fTrading (1)
FunChIP (53)
FunciSNP (14)
fungible (1)
fUnitRoots (1)
funkyheatmap (1)
funOmics (1)
funtooNorm (62)
furrr (14)
FuseSOM (53)
futile.logger (1)
futile.options (1)
future (148)
future.apply (126)
future.batchtools (1)
future.callr (3)
fuzzyjoin (1)
fuzzySim (1)
fwb (1)

G

g3viz (1)
GA (51)
GA4GHclient (110)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (67)
gada (0)
gaga (105)
gage (810)
gageData (1)
gaggle (45)
gaia (26)
gam (10)
GAMBLR.results (1)
GAMBoost (1)
gamboostLSS (2)
gameofthrones (1)
gamlss (3)
gamlss.add (1)
gamlss.data (1)
gamlss.dist (3)
gamlss.tr (0)
gamm4 (1)
gap (1)
gap.datasets (1)
gapfill (0)
GAPGOM (8)
gapminder (1)
GAprediction (53)
garfield (56)
gargle (74)
GARS (60)
gaston (1)
GastrographPackage (1)
GateFinder (61)
gatom (37)
gaucho (12)
gausscov (1)
gbm (54)
gbRd (1)
GBScleanR (59)
gbutils (1)
gcapc (57)
gcatest (57)
gclus (1)
gCMAP (16)
gCMAPWeb (14)
gCrisprTools (61)
gcrma (1374)
GCS (1)
GCSConnection (5)
GCSFilesystem (6)
GCSscore (22)
gdata (20)
GDCRNATools (299)
gdistance (0)
gDNAx (51)
gDR (39)
gDRcore (82)
gDRimport (85)
gDRstyle (70)
gDRutils (104)
GDSArray (148)
gdsfmt (2092)
gdsx (1)
gdtools (61)
GeDi (15)
gee (1)
geeasy (1)
geecc (8)
geepack (5)
geigen (1)
geiger (0)
GEM (59)
gemini (53)
gemma.R (60)
gemtc (1)
GenABEL (2)
GenABEL.data (2)
genArise (58)
genbankr (112)
GENE.E (12)
gene2pathway (4)
GeneAccord (8)
GeneAnswers (23)
geneAttribution (54)
GeneBreak (65)
geneClassifiers (53)
GeneExpressionSignature (70)
genefilter (12817)
genefu (418)
GeneGA (48)
GeneGeneInteR (56)
GeneGroupAnalysis (3)
geneLenDataBase (10)
GeneMeta (102)
GeneNet (0)
GeneNetworkBuilder (77)
GeneNMF (1)
GeneOverlap (450)
geneoverlap (1)
geneplast (94)
geneplotter (6804)
GeneR (4)
GeneralizedHyperbolic (2)
geneRecommender (57)
GeneRegionScan (64)
GeneRfold (2)
generics (22)
geneRxCluster (58)
GeneSelectMMD (106)
GeneSelector (14)
GENESIS (348)
genesis (0)
GeneSpring (3)
GeneStructureTools (79)
geNetClassifier (148)
genetclassifier (1)
genetics (1)
GeneticsBase (2)
geneticsbase (0)
GeneticsDesign (14)
GeneticsPed (103)
GeneTonic (274)
GeneTraffic (3)
GeneTS (2)
geneXtendeR (112)
GENIE3 (1179)
genoCN (57)
GenoGAM (11)
genomation (660)
genomationdata (1)
genomationData (1)
GenomAutomorphism (42)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (19)
GenomeInfoDb (57751)
GenomeInfoDB (1)
GenomeInfoDbData (21)
genomeIntervals (179)
GenomelnfoDb (0)
genomes (69)
GenomicAlignments (24042)
genomicalignments (1)
GenomicDataCommons (1163)
GenomicDistributions (92)
GenomicDistributionsData (1)
GenomicFeatures (20231)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (1310)
genomicInstability (50)
GenomicInteractionNodes (49)
GenomicInteractions (360)
GenomicOZone (59)
GenomicPlot (55)
GenomicRanges (42791)
genomicranges (0)
genomicRanges (1)
GenomicScores (680)
GenomicSuperSignature (57)
GenomicTools (0)
GenomicTuples (52)
Genominator (16)
GenOrd (0)
genoset (22)
genotypeeval (15)
GenoView (2)
genphen (9)
GenProSeq (42)
GenRank (7)
GenSA (2)
GenVisR (279)
geobr (1)
geodata (1)
GeoDiff (75)
geodiv (1)
GEOexplorer (63)
GEOfastq (71)
geohashTools (1)
geojson (1)
geojsonio (1)
geojsonlint (1)
geojsonsf (1)
GEOmap (8)
GEOmetadb (236)
geometadb (0)
geometries (20)
geometry (1)
geomorph (1)
geomtextpath (1)
GeomxTools (403)
GEOquery (9180)
geoquery (1)
GEoquery (1)
geoR (1)
geos (1)
GEOsearch (4)
geosphere (12)
GEOsubmission (59)
GeoTcgaData (77)
gep2pep (54)
gert (64)
gespeR (87)
gestalt (7)
gestate (1)
getDEE2 (50)
getip (1)
getopt (26)
GetoptLong (2)
getPass (3)
getSVCNVperGene0.94 (0)
gettz (1)
geva (46)
GEWIST (51)
gff3Plotter (2)
gfonts (1)
gg4way (35)
ggalluvial (1)
GGally (17)
ggalt (1)
gganimate (1)
GGBase (17)
ggbeeswarm (4)
ggbio (2144)
ggbreak (1)
ggchicklet (1)
ggcorrplot (2)
ggcyto (902)
ggdag (1)
ggdendro (15)
ggdensity (1)
ggdist (6)
gge (1)
ggeasy (1)
ggedit (1)
ggeffects (2)
ggExtra (4)
ggfittext (2)
ggforce (26)
ggforestplot (0)
ggformula (31)
ggfortify (2)
ggfun (52)
gggenes (0)
ggh4x (2)
gghalves (1)
gghighlight (1)
ggimage (1)
gginnards (1)
ggiraph (6)
ggiraphExtra (1)
ggkegg (241)
ggm (1)
ggmanh (143)
ggmap (16)
ggmosaic (1)
ggmsa (512)
ggnetwork (1)
ggnewscale (35)
ggnewscales (0)
ggokabeito (1)
GGPA (47)
ggpattern (1)
ggplot (1)
ggplot2 (285)
ggplot2movies (1)
ggplotify (29)
ggpmisc (5)
ggPMX (1)
ggpointdensity (6)
ggpp (6)
ggprism (1)
ggpubr (23)
ggRandomForests (0)
ggrap2 (1)
ggraph (20)
ggraph2 (1)
ggrastr (8)
ggrepel (189)
ggridges (31)
ggsankey (1)
ggsc (46)
ggsci (55)
ggseqalign (2)
ggseqlogo (15)
ggside (5)
ggsignif (10)
ggspavis (157)
ggstance (2)
ggstats (3)
ggstatsplot (2)
ggsurvfir (0)
ggsurvfit (1)
ggtern (24)
ggtext (2)
ggthemes (11)
GGtools (20)
ggtree (20568)
ggtreeDendro (61)
ggtreeExtra (1037)
ggtreeSpace (12)
ggvegan (1)
ggvenn (1)
ggVennDiagram (2)
ggvis (0)
ggwordcloud (1)
gh (69)
ghpm (1)
ghql (0)
gifski (1)
GIGSEA (47)
GillespieSSA (0)
ginmappeR (14)
gINTomics (9)
Giotto (1)
girafe (92)
GISPA (44)
git2r (19)
gitcreds (21)
gitlabr (1)
GLAD (226)
GladiaTOX (50)
glasso (0)
glassoFast (1)
glca (1)
gld (1)
Glimma (1205)
gllvm (0)
glmGamPoi (4110)
GLMMadaptive (1)
glmmADMB (0)
glmmML (1)
glmmTMB (2)
glmnet (22)
glmnetUtils (10)
glmperm (1)
glmSparseNet (153)
glmx (1)
GlobalAncova (999)
GlobalOptions (1)
globals (42)
globals, (1)
globalSeq (55)
globaltest (1734)
GloScope (32)
glpgStyle (0)
glpgTesteR (0)
glpkAPI (1)
glue (140)
gmailr (1)
gmapR (170)
gMCP (1)
GmicR (68)
Gmisc (1)
gmm (1)
gmnl (1)
gmodels (2)
gmoviz (54)
gmp (16)
GMRP (54)
gmthemes (1)
GNET2 (53)
gnm (1)
gnomAD (1)
GNOSIS (42)
GO.db (15)
goCluster (1)
GOdb (1)
godmode (1)
GOexpress (88)
goftest (1)
GOfuncR (295)
GOFunction (15)
golem (6)
golubEsets (1)
gomms (0)
gongs (1)
googleAuthR (3)
googleCloudStorageR (1)
googledrive (58)
GoogleGenomics (6)
googlesheets (1)
googlesheets4 (65)
googleVis (1)
GOplot (0)
GOpro (131)
goProfiles (125)
GOSemSim (16995)
goseq (1200)
goshawk (1)
GOSim (112)
goSorensen (55)
goSTAG (62)
GOstats (1738)
gostats (1)
GOsummaries (51)
GOTHiC (88)
goTools (66)
gower (15)
GPA (52)
GPArotation (18)
gpart (16)
GPfit (1)
gplots (74)
gpls (183)
gprege (14)
gprofiler2 (2)
gpuMagic (52)
gQTLBase (12)
gQTLstats (10)
GrafGen (12)
gRain (1)
gralarkivar (1)
gramm4R (4)
GRaNIE (144)
granny (1)
granulator (119)
graper (51)
grapg (1)
graph (18547)
GraphAlignment (60)
GraphAT (59)
graphat (1)
GraphGallery (1)
graphics (1)
graphiQs (1)
graphite (3013)
graphlayouts (42)
GraphPAC (104)
graphql (1)
grates (1)
gRbase (1)
grDevices (1)
greekLetters (1)
Greg (1)
GRENITS (59)
greybox (1)
GreyListChIP (998)
grf (1)
grid (1)
gridBase (1)
gridExtra (1)
gridGraphics (1)
gridpattern (1)
gridSVG (1)
gridtext (2)
grImport (1)
grImport2 (0)
GRmetrics (87)
groHMM (73)
groupdata2 (1)
grpreg (1)
grr (1)
GRridge (15)
GSA (1)
gsalib (0)
GSALightning (54)
GSAR (88)
gsbDesign (1)
GSCA (61)
gscounts (1)
gscreend (47)
gsDesign (1)
GSEABase (8680)
gseabase (0)
GSEAbase (1)
GSEABenchmarkeR (84)
GSEAlm (82)
GSEAmining (63)
gsean (60)
GSgalgoR (50)
gsignal (1)
gsl (3)
gsmoothr (6)
gson (4)
gsrc (0)
GSReg (63)
GSRI (63)
gss (3)
gstat (1)
gsubfn (1)
GSVA (6162)
GSVAdata (1)
gsw (0)
gt (11)
gtable (166)
gtExtras (1)
gto (1)
gtools (44)
gtrellis (132)
gtsummary (3)
gtx (0)
gubraqsar (1)
GUIDEseq (79)
Guitar (132)
GUniFrac (2)
gupio (1)
gUtils (0)
GUTS (0)
Gviz (3899)
GWAS.BAYES (50)
gwascat (616)
GWASExactHW (6)
gwasrapidd (1)
GWASTools (604)
gwasurvivr (84)
GWENA (192)
gWidgets (1)
gWidgets2tcltk (0)
gWidgetstcltk (1)
gypsum (520)

H

h2o (4)
h5vc (84)
HAC (1)
hal9001 (1)
HandTill2001 (1)
hapFabia (58)
haplo.stats (1)
HaploBlocker (1)
HaploSim (0)
haplotrackR (1)
hardhat (51)
HardyWeinberg (1)
Harman (169)
HarmonizR (46)
harmony (6)
Harshlight (73)
hash (2)
haven (99)
hca (64)
HCABrowser (5)
HCAExplorer (3)
HCAMatrixBrowser (2)
HCsnip (11)
HDCytoData (1)
hdf4r (1)
hdf5 (1)
HDF5Array (12994)
hdf5r (7)
hdi (1)
HDInterval (12)
HDLSSkST (0)
hdm (0)
hdnom (1)
HDO.db (6)
hdrcde (6)
HDTD (49)
hdxmsqc (0)
heatmap.plus (0)
heatmap3 (0)
heatmaply (15)
heatmaps (275)
Heatplus (412)
heemod (1)
HelloRanges (134)
HELP (58)
helperMut (0)
HEM (56)
heplots (1)
here (2)
hermes (110)
HERON (33)
Herper (157)
hexbin (20)
hexSticker (1)
hexView (1)
HGC (64)
HGNChelper (1)
hgu133a.db (2)
hgu133plus2.db (8)
hgu133plus2cdf (1)
hgu219.db (0)
hgu95a.db (1)
hgu95av2.db (2)
hgug4112a.db (0)
hiAnnotator (109)
HIBAG (127)
HicAggR (12)
HiCBricks (150)
hicbricks (0)
HiCcompare (279)
HiCDCPlus (74)
HiCDOC (106)
HiCExperiment (147)
HiClimR (0)
HiContacts (108)
HiCool (68)
hicrep (11)
hicVennDiagram (37)
hierfstat (0)
hierGWAS (57)
hierinf (46)
highcharter (1)
highlight (0)
highr (86)
highs (1)
HilbertCurve (88)
HilbertVis (183)
HilbertVisGUI (39)
HiLDA (71)
hipathia (139)
HIPPO (50)
hiReadsProcessor (59)
HIREewas (51)
HiTC (135)
HiTME (1)
hmdbQuery (72)
Hmisc (31)
HMMcopy (261)
hms (76)
hoardr (1)
HoloFoodR (1)
Homo.sapiens (6)
hoodscanR (50)
Hoover (1)
hopach (323)
HPAanalyze (127)
hpar (275)
HPAStainR (14)
HPC.R.Utilities (1)
HPiP (52)
hrbrthemes (1)
HSAUR (1)
HSAUR2 (1)
HSAUR3 (1)
hsm (0)
HSMMSingleCell (2)
htmlTable (23)
htmltools (310)
htmlwidgets (190)
HTqPCR (154)
HTSanalyzeR (17)
HTSeqGenie (56)
htSeqTools (16)
HTSFilter (217)
htslib (0)
httpcode (1)
httpgd (1)
httptest (3)
httptest2 (1)
httput (1)
httpuv (272)
httr (175)
httr2 (86)
HubPub (118)
huge (1)
hugene10sttranscriptcluster.db (2)
HumanTranscriptomeCompendium (51)
hummingbird (45)
hunspell (4)
huxtable (2)
hwriter (2)
HWxtest (0)
HybridExpress (14)
HybridMTest (131)
hydroPSO (1)
hypeR (83)
hyperdraw (115)
hypergate (1)
hypergeo (1)
hypergraph (164)
hyperSpec (1)
hypred (1)

I

IAPWS95 (1)
iASeq (53)
iasva (52)
iatlasGraphQLClient (1)
iBBiG (125)
ibh (55)
iBMQ (49)
iBreakDown (1)
iC10 (1)
ica (3)
iCARE (122)
icenReg (1)
Icens (467)
icetea (55)
iCheck (55)
iChip (55)
ichorCNA (0)
iClusterPlus (355)
iCNV (54)
iCOBRA (178)
ICS (1)
ICSNP (1)
ICSOutlier (1)
ideal (103)
IdeoViz (67)
ideoviz (1)
idiogram (61)
IdMappingAnalysis (12)
IdMappingRetrieval (14)
idorsiaQC (1)
IDPmisc (3)
idpr (67)
idr (0)
idr2d (54)
ids (1)
ieugwasr (0)
IFAA (46)
iFlow (3)
ifultools (1)
iGasso (0)
iGC (52)
IgGeneUsage (49)
igraph (166)
igraphdata (1)
igvR (111)
igvShiny (15)
iheatmapr (5)
IHW (716)
ijtiff (1)
Illumina450ProbeVariants.db (1)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (7)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (6)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (6)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19 (6)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (6)
IlluminaHumanMethylationEPICv2manifest (1)
illuminaio (2943)
ILoReg (45)
imageHTS (22)
imager (2)
imagerExtra (0)
IMAS (59)
imbalance (1)
imcRtools (199)
Imetagene (8)
iml (1)
IMMAN (50)
immunarch (1)
ImmuneSpaceR (59)
immunoClust (67)
immunotation (52)
IMPCdata (49)
import (2)
ImpulseDE (6)
ImpulseDE2 (12)
impute (10440)
imputeTS (1)
IncDTW (1)
incidence (3)
incidence2 (1)
IncidencePrevalence (1)
INDEED (47)
ineq (0)
iNETgrate (48)
iNEXT (1)
infer (16)
infercnv (1069)
inferCNV (1)
infinityFlow (69)
influenceR (2)
InformationValue (1)
Informeasure (41)
infotheo (2)
ingredients (1)
ini (1)
InkblotAnalytics (13)
INLA (0)
inline (1)
inlinedocs (1)
InPAS (62)
INPower (57)
InraeThemes (1)
insight (12)
inSilicoDb (13)
inSilicoMerging (14)
INSPEcT (69)
installr (1)
INTACT (48)
InTAD (55)
intamap (1)
intansv (82)
interacCircos (62)
InteractionSet (1881)
InteractiveComplexHeatmap (390)
interactiveDisplay (105)
interactiveDisplayBase (9720)
interactomes (1)
InterCellar (76)
IntEREst (71)
intergraph (1)
InterMineR (77)
interp (13)
interpretR (0)
interval (1)
intervals (5)
IntOMICS (33)
IntramiRExploreR (51)
inum (3)
inveRsion (16)
invgamma (1)
IONiseR (72)
iontree (12)
iotools (1)
iPAC (132)
ipaddress (1)
iPath (44)
ipcwswitch (1)
ipdDb (119)
IPDfromKM (1)
ipmisc (0)
IPO (123)
IPPD (14)
ipred (31)
ips (1)
iptmnetr (1)
ipw (1)
iq (1)
irace (0)
IRanges (51220)
iranges (1)
iRanges (1)
IRdisplay (1)
IRISFGM (76)
IrisSpatialFeatures (4)
IRkernel (0)
irlba (18)
irr (1)
ISAnalytics (57)
iSEE (465)
iSEEde (56)
iSEEfier (15)
iSEEhex (145)
iSEEhub (124)
iSEEindex (47)
iSEEpathways (42)
iSEEu (112)
iSeq (53)
ISLET (45)
ISLR (1)
iSNetwork (2)
Iso (1)
isoband (44)
isobar (85)
IsoBayes (31)
ISOcodes (1)
IsoCorrectoR (101)
IsoCorrectoRGUI (62)
IsoformSwitchAnalyzeR (261)
IsoGeneGUI (16)
ISoLDE (46)
isomiRs (139)
iSPlot (2)
isva (6)
ISwR (1)
ITALICS (61)
ITALICSData (1)
iterativeBMA (61)
iterativeBMAsurv (55)
iterativebmasurv (0)
iterators (7)
iterClust (44)
iteremoval (8)
itertools (1)
ITKR (1)
itsadug (1)
IVAS (81)
ivpack (0)
ivprobit (1)
ivreg (1)
ivygapSE (52)
IWTomics (53)

J

JADE (1)
jagsUI (1)
janeaustenr (3)
janitor (3)
JASPAR2016 (1)
JASPAR2018 (3)
JASPAR2020 (7)
JavaGD (1)
JBrowseR (1)
JBTools (0)
jcolors (1)
JGR (1)
jiebaR (0)
jiebaRD (0)
JM (1)
JMbayes (1)
jmosaics (7)
jnjtemplates (1)
job (1)
joda (14)
joineRML (1)
jomo (1)
jose (1)
jpeg (13)
jqr (9)
jquerylib (2)
js (1)
jskm (1)
jsonify (1)
jsonlite (249)
jsonvalidate (0)
jsTreeR (1)
jtools (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (0)
JunctionSeq (12)

K

kableExtra (17)
kangar00 (1)
karyoploteR (876)
KaryoploteR (0)
karyoploter (1)
katdetectr (56)
katex (1)
KBoost (46)
KCsmart (66)
kebabs (148)
kedd (0)
KEGG.db (1)
KEGGgraph (5507)
kegggraph (0)
KEGGlincs (71)
keggorth (2)
keggorthology (157)
KEGGprofile (22)
KEGGREST (36034)
keggrest (1)
KEGGSOAP (6)
keggsvg (1)
Kendall (1)
keras (8)
KernelKnn (1)
kernlab (5)
KernSmooth (64)
keyring (6)
KFAS (1)
khroma (1)
kimod (6)
kinship2 (1)
KinSwingR (55)
kissDE (62)
kit (1)
kknn (1)
klaR (3)
km.ci (2)
kmed (1)
kmknn (0)
kml (1)
kml3d (1)
KMsurv (1)
knitr (280)
knitrdata (1)
knockoff (1)
KnowSeq (60)
knowYourCG (12)
KODAMA (0)
kohonen (2)
kpmt (0)
kriging (1)
ks (6)
kSamples (2)
ktplots (1)
kutils (1)
kyotil (1)

L

l2p (1)
labdsv (1)
labeling (147)
labelled (11)
LACE (125)
laeken (2)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
LambertW (3)
lamW (3)
landscapemetrics (1)
languageserver (1)
LaplacesDemon (1)
lapmix (54)
lars (1)
lasso2 (1)
lastdose (1)
latentnet (1)
later (169)
latex2exp (1)
lattice (176)
latticeExtra (10)
lava (48)
lavaan (28)
lavaSearch2 (1)
lazy (1)
lazyeval (12)
lbaQcCheck (1)
LBE (235)
lbfgs (1)
lbfgsb3c (1)
lcopula (1)
lda (1)
ldap (1)
ldblock (82)
LDheatmap (1)
LDlinkR (1)
LDplots (1)
LEA (517)
leafcutter (0)
leafem (1)
leaflegend (3)
leaflet (6)
leaflet.extras (2)
leaflet.minicharts (0)
leaflet.providers (2)
leafpop (1)
leaps (2)
LearnBayes (1)
learnr (5)
LedPred (48)
lefser (569)
leiden (22)
leidenAlg (1)
leidenbase (12)
lemon (2)
lemur (60)
les (95)
levi (47)
lfa (289)
lfda (1)
lfe (1)
lgr (1)
lhs (12)
liana (1)
libcoin (4)
libgeos (1)
LiblineaR (12)
libr (1)
libwebp (1)
lifecycle (196)
liger (1)
lightgbm (1)
limma (31492)
limmaGUI (75)
limmia (1)
limpca (14)
limSolve (1)
LINC (8)
LineagePulse (38)
lineagespot (48)
LinkHD (51)
LinMod2 (1)
Linnorm (225)
linprog (1)
LinTInd (53)
lintr (61)
lionessR (54)
lipidr (191)
LiquidAssociation (85)
liquidSVM (0)
lisaClust (138)
listenv (45)
listviewer (1)
littler (1)
lixoftConnectors (0)
lixoftConnectors.1 (0)
lixoftConnectors.2 (0)
lle (0)
lm.beta (1)
lmdme (56)
lme4 (122)
lmerTest (1)
LMGene (14)
LMI (1)
lmodel2 (1)
lmom (14)
lmomco (1)
Lmoments (1)
lmtest (4)
LOBSTAHS (62)
lobstr (3)
locfdr (0)
locfit (71)
loci2path (51)
log4r (4)
logcondens (1)
logger (8)
logging (1)
logicFS (88)
LogicReg (1)
logistf (12)
logitnorm (1)
logitr (1)
logitT (32)
logitt (1)
Logolas (8)
logolas (0)
logr (1)
logrrr (1)
logspline (1)
lokern (1)
lol (11)
LOLA (305)
longitudinal (0)
longitudinalData (1)
longmemo (0)
loo (15)
LoomExperiment (604)
lotri (1)
loupeR (1)
LowMACA (16)
LowRankQP (1)
LPE (90)
LPEadj (41)
lpNet (66)
lpridge (1)
lpSolve (15)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (1094)
lqa (0)
lqmm (1)
LRBaseDbi (116)
LRcell (51)
lsa (8)
LSAF (1)
lsei (2)
lsmeans (1)
lubridate (86)
lumi (1139)
Luminescence (1)
lute (14)
lvec (1)
LVSmiRNA (15)
lwgeom (3)
LymphoSeq (65)

M

m03modeldevelopment (1)
M3C (704)
M3D (8)
M3Drop (615)
m6Aboost (44)
maanova (20)
Maaslin2 (1015)
maboost (1)
Macarron (70)
macat (44)
maCorrPlot (57)
MACPET (10)
macrophage (1)
MACSQuantifyR (46)
MACSr (105)
maDB (4)
made4 (252)
maditr (1)
madness (1)
MADSEQ (55)
maftools (2548)
MAGAR (172)
MAGeCKFlute (369)
magic (2)
magick (13)
magpie (51)
magrene (46)
magrittr (21)
MAI (57)
maic (1)
maicChecks (1)
maigesPack (43)
mailR (0)
MAIT (67)
makecdfenv (175)
makePlatformDesign (3)
maketools (1)
MALDIquant (3)
manipulate (1)
manipulateWidget (1)
MANOR (58)
manta (14)
MantelCorr (51)
mantelcorr (0)
maotai (1)
mapbayr (1)
mapdata (1)
MAPFX (10)
mAPKL (11)
mapplots (1)
mapproj (1)
maPredictDSC (62)
maps (10)
mapscape (53)
maptools (19)
maptree (1)
mapview (1)
marginaleffects (1)
margins (1)
mariner (57)
Markdown (0)
markdown (85)
markovchain (1)
marqLevAlg (1)
marr (47)
marray (1910)
martini (57)
maser (119)
maSigPro (251)
maskBAD (63)
MASS (258)
MassArray (54)
massdataset (1)
massiR (61)
MassSpecWavelet (1840)
masstools (1)
MAST (2056)
mastR (121)
matchBox (55)
Matching (2)
MatchIt (2)
matchprobes (2)
MatchThem (1)
mathjaxr (2)
matlib (1)
Matrix (350)
Matrix.utils (1)
matrixcalc (1)
MatrixEQTL (1)
MatrixExtra (1)
MatrixGenerics (39929)
MatrixModels (105)
MatrixQCvis (133)
MatrixRider (61)
matrixStats (165)
matrixTests (1)
matter (210)
MaxContrastProjection (9)
maxLik (1)
maxstat (1)
MBA (7)
MBAmethyl (42)
MBASED (56)
MBCB (56)
MBCluster.Seq (0)
MBECS (71)
mbend (1)
MBESS (1)
mbkmeans (445)
mbOmic (13)
mboost (3)
mBPCR (61)
MBQN (56)
mbQTL (49)
MBttest (52)
mc2d (2)
mcaGUI (14)
MCbiclust (56)
mclogit (1)
mclust (13)
mclustcomp (1)
mcmc (1)
mcmcabn (0)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (2)
MCMCprecision (1)
MCPcounter (0)
mcr (8)
MCRestimate (14)
mCSEA (107)
mctq (1)
mcv (0)
mda (1)
mdgsa (10)
mdp (57)
mdqc (103)
MDTS (48)
MEAL (79)
MeasurementError.cor (52)
measurements (1)
measures (1)
MEAT (47)
MEB (50)
medflex (0)
mediation (1)
MEDIPS (111)
MEDME (56)
megadepth (121)
MEIGOR (57)
Melissa (53)
memes (197)
memisc (1)
memoise (16)
MEMSS (1)
memuse (1)
MendelianRandomization (2)
merDeriv (1)
merge (1)
MergeMaid (16)
Mergeomics (65)
merTools (1)
MeSHDbi (263)
meshes (141)
meshr (143)
MeSHSim (3)
MesKit (75)
MESS (1)
messina (58)
meta (1)
metaArray (15)
metaarray (1)
Metab (33)
metabaser (1)
metabCombiner (63)
metabinR (44)
metaBLUE (1)
metaBMA (1)
MetaboAnalystR (1)
MetaboAnnotation (243)
MetaboCoreUtils (1383)
metabolomics (1)
metabolomicsWorkbenchR (80)
metabomxtr (57)
MetaboReport (1)
MetaboSignal (119)
metaCCA (186)
metacore (1)
MetaCyto (75)
metadat (1)
metafor (5)
metagene (30)
metagene2 (69)
metagenomeFeatures (9)
metagenomeSeq (1676)
MetaGxOvarian (2)
metahdep (59)
metaMA (8)
metaMS (108)
MetaNeighbor (90)
metap (10)
MetaPhOR (56)
metaplot (1)
metaplus (1)
metapod (4787)
metapone (64)
metaSeq (71)
metaseqR (19)
metaseqR2 (59)
MetaSKAT (0)
metatools (1)
MetaUtility (1)
metavizr (13)
MetaVolcanoR (54)
metaX (3)
MetCirc (72)
MethCP (7)
methimpute (61)
methInheritSim (65)
methodical (11)
methods (1)
MethPed (54)
MethReg (70)
methrix (87)
MethTargetedNGS (52)
methVisual (14)
methyAnalysis (20)
MethylAid (92)
methylCC (71)
methylclock (152)
methylclockData (1)
methylGSA (108)
methyLImp2 (13)
methylInheritance (67)
methylKit (639)
MethylMix (97)
methylMnM (77)
methylPipe (120)
methylscaper (66)
MethylSeekR (142)
methylSig (75)
methylumi (1459)
methyvim (8)
MetID (56)
metid (1)
MetNet (54)
metpath (1)
MeTPeak (1)
metR (1)
Metrics (0)
metrumrg (1)
mets (1)
mev (1)
mfa (85)
mFilter (1)
Mfuzz (1200)
mfuzz (0)
mfx (1)
mg14 (0)
mgcv (241)
MGFM (62)
MGFR (66)
mgm (1)
MGnifyR (15)
mgsa (112)
mgvc (1)
mhsmm (1)
mhurdle (1)
mi (0)
mia (1490)
miaSim (95)
miaViz (246)
mice (14)
miceadds (1)
MiChip (55)
microbenchmark (1)
microbiome (1669)
microbiomeDASim (58)
microbiomeExplorer (83)
microbiomeMarker (383)
MicrobiomeProfiler (106)
MicrobiotaProcess (519)
microeco (1)
micromap (1)
microRNA (158)
microseq (1)
Microsoft365R (1)
microSTASIS (46)
MICSQTL (39)
midasHLA (53)
MIGSA (13)
MIIVsem (0)
miloR (274)
mimager (65)
mime (24)
MIMOSA (29)
mimosa (1)
mina (47)
MineICA (78)
minerva (0)
minet (786)
minfi (2371)
minfiData (1)
MinimumDistance (67)
miniUI (1)
minpack.lm (4)
minqa (93)
MiPP (56)
miQC (107)
MIRA (123)
MiRaGE (69)
mirai (2)
miRBaseConverter (110)
miRcomp (54)
mirIntegrator (69)
MIRit (13)
miRLAB (66)
miRmine (33)
miRNAmeConverter (60)
miRNApath (66)
miRNAtap (147)
miRSM (42)
miRsponge (6)
miRspongeR (39)
Mirsynergy (12)
mirt (15)
mirTarRnaSeq (64)
misc3d (1)
miscTools (1)
missForest (1)
missMDA (1)
missMethyl (978)
missRanger (1)
missRows (54)
misty (1)
mistyR (87)
mitch (64)
mitml (1)
mitoClone2 (57)
mitoODE (12)
mitools (1)
mix (1)
mixOmics (2754)
mixsqp (20)
mixtools (1)
mixture (1)
MKmisc (1)
mlbench (12)
MLEcens (1)
mlegp (1)
mlfa (1)
mlflow (1)
MLInterfaces (399)
mlm4omics (3)
MLmetrics (1)
mlmm (1)
mlmm.gwas (0)
mlmRev (1)
mlogit (1)
MLP (139)
mlpack (1)
mlr (1)
mlr3 (2)
mlr3cluster (1)
mlr3data (1)
mlr3filters (1)
mlr3fselect (1)
mlr3hyperband (1)
mlr3learners (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
mlr3pipelines (1)
mlr3proba (1)
mlr3spatiotempcv (1)
mlr3tuning (1)
mlr3tuningspaces (1)
mlr3verse (1)
mlr3viz (1)
MLSeq (156)
mlt (1)
mltools (0)
mma (1)
MMAPPR2 (18)
MMDiff (9)
MMDiff2 (51)
mmgmos (1)
mmnet (9)
MmPalateMiRNA (15)
mmrm (40)
MMUPHin (117)
mnem (155)
mnormt (16)
MNP (0)
moanin (137)
mobileRNA (14)
MobilityTransformR (42)
mobster (0)
mockery (3)
mockr (1)
MODA (57)
ModCon (44)
modeest (0)
modelbased (3)
modeldata (14)
modelenv (1)
ModelMetrics (2)
modelr (41)
modelsummary (1)
modeltests (1)
modeltime.ensemble (1)
modeltools (1)
modetest (1)
modEvA (1)
MODIStsp (2)
Modstrings (210)
modules (5)
MOFA (6)
MOFA2 (455)
MOGAMUN (53)
mogsa (177)
moleculaR (1)
MoleculeExperiment (75)
MOMA (56)
moments (2)
Momocs (1)
monaLisa (139)
mondate (1)
mongolite (1)
monkey (1)
monocle (3072)
monocle3 (1)
MonoPhy (1)
Moonlight2R (46)
MoonlightR (73)
MoPS (7)
morpheus (1)
Morpho (1)
mosaic (1)
mosaicCore (31)
mosaicData (1)
mosaics (143)
mosbi (50)
mosdef (5)
MOSim (52)
Motif2Site (47)
motifbreakR (215)
motifcounter (59)
MotifDb (677)
motifmatchr (1366)
motifRG (15)
motifStack (742)
motifTestR (12)
MotIV (28)
mouse4302.db (0)
MouseFM (116)
MouseGastrulationData (1)
MPA (1)
MPAC (1)
mpath (0)
MPFE (46)
MplusAutomation (1)
mpm (1)
mpn.scorecard (1)
mppR (0)
mpra (60)
MPRAnalyze (61)
MPV (1)
MQmetrics (40)
mQTL.NMR (6)
mratios (1)
mrgda (1)
mrggsave (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (1522)
MSA2dist (128)
msatR (1)
MsBackendMassbank (76)
MsBackendMgf (424)
MsBackendMsp (255)
MsBackendRawFileReader (63)
MsBackendSql (68)
MsCoreUtils (3523)
msdata (1)
MsDataHub (62)
MSEADbi (4)
MsExperiment (1075)
MsFeatures (1606)
msgbsR (67)
MSGFgui (10)
MSGFplus (13)
msigdb (1)
msigdbr (4)
msImpute (132)
mslp (40)
msm (6)
msmsEDA (291)
msmsTests (274)
MSnbase (3217)
msnbase (0)
MSnID (259)
MSPrep (121)
msPurity (77)
msQC (0)
msqrob2 (132)
MsQuality (66)
MSstats (504)
MSstatsBig (33)
MSstatsConvert (479)
MSstatsLiP (76)
MSstatsLOBD (49)
MSstatsPTM (198)
MSstatsQC (78)
MSstatsQCgui (46)
MSstatsSampleSize (19)
MSstatsShiny (107)
MSstatsTMT (281)
MSstatsTMTPTM (4)
MSstatsTMTs (0)
mstate (1)
MSwM (1)
mtbls2 (0)
MTseeker (3)
MuData (58)
muhaz (1)
Mulcom (74)
mulcom (1)
multcomp (59)
multcompView (23)
multgee (1)
MultiAssayExperiment (5347)
MultiBaC (66)
multiClust (89)
multicool (4)
multicrispr (59)
multicross (1)
MultiDataSet (1258)
multidplyr (0)
multiGSEA (122)
multiHiCcompare (173)
MultiMed (56)
multiMiR (231)
MultimodalExperiment (39)
multimode (1)
multinichenetr (0)
multinma (1)
multiOmicsViz (41)
multipanelfigure (1)
MultiRNAflow (40)
multiscan (55)
multiSight (67)
multistateQTL (11)
multiwayvcov (1)
multiWGCNA (57)
multtest (12409)
MuMIn (1)
mumosa (72)
MungeSumstats (1032)
munsell (56)
muscat (439)
muscData (1)
muscle (328)
musicatk (81)
MutationalPatterns (330)
mutationalpatterns (1)
MutationTimeR (0)
mutoss (9)
mutSigExtractor (0)
mvabund (1)
MVCClass (93)
mvGST (4)
mvna (1)
mvnfast (0)
mvnormtest (1)
mvpart (1)
mvtnorm (122)
MWASTools (158)
mwcsr (1)
mycor (1)
mygene (338)
myphd (0)
myvariant (86)
mzID (3076)
mzR (3353)

N

n1qn1 (1)
N2R (0)
nabor (1)
NACHO (1)
NADA (6)
NADfinder (59)
name (1)
namer (1)
naniar (3)
nanoarrow (1)
NanoMethViz (81)
nanonext (2)
nanopipeline (1)
NanoPyx (1)
NanoStringDiff (94)
NanoStringNCTools (391)
NanoStringNorm (1)
NanoStringQCPro (39)
nanostringr (1)
nanotatoR (98)
nanotime (1)
NanoTube (84)
narray (1)
NarrowPeaks (15)
nasapower (1)
nat.util (1)
nat.utils (1)
natserv (1)
naturalsort (1)
NBAMSeq (100)
NbClust (1)
nbpMatching (1)
NBSplice (10)
ncappc (1)
ncar (1)
ncbit (0)
ncdf4 (11)
ncdf4.1 (0)
ncdfFlow (1141)
ncGTW (54)
NCIgraph (117)
ncmeta (1)
NCmisc (1)
ncRNAtools (50)
ncvreg (1)
ndexr (72)
ndjson (0)
neaGUI (8)
nearBynding (52)
Nebulosa (1030)
NeighborNet (24)
nem (18)
NEMO (0)
nempi (60)
neo2R (1)
NEONiso (1)
neonUtilities (1)
nephro (1)
nestcolor (1)
nestedcv (1)
nestedLogit (1)
nestedmodels (1)
NetActivity (45)
netbenchmark (8)
NetBID2 (1)
netbiov (30)
netboost (44)
netboxr (9)
NetCRG (0)
netDx (48)
nethet (55)
netmeta (1)
netOmics (38)
NetPathMiner (62)
NetPreProc (0)
netprioR (50)
netrankr (1)
netReg (8)
netresponse (72)
NetSAM (79)
netSmooth (64)
NetSwan (1)
network (2)
networkBMA (16)
networkD3 (1)
networkDynamic (1)
netZooR (61)
NeuCA (39)
neuralnet (1)
NeuralNetTools (1)
neuRosim (0)
NewWave (119)
nFactors (1)
NGScopy (7)
ngsReports (74)
NHANES (1)
nhanesA (1)
nimble (1)
nipals (1)
nipalsMCIA (36)
NISTunits (1)
NlcOptim (1)
nleqslv (1)
nlme (205)
nlmeODE (1)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nlmixr2rpt (1)
nloptr (29)
NLP (0)
nls2 (1)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (12)
NMproject (1)
nmrec (1)
NMsim (1)
nnet (61)
NNLM (1)
nnls (4)
nnNorm (60)
nnSVG (111)
noctua (1)
NoiseFiltersR (0)
NOISeq (568)
nominatimlite (1)
NonCompart (1)
nondetects (63)
nonmem2R (1)
nonmem2rx (1)
nonmemica (1)
nonnest2 (1)
nor1mix (2)
NoRCE (53)
norm (1)
normalize450K (50)
NormalizerDE (1)
NormalyzerDE (168)
NormqPCR (168)
normr (135)
NORMT3 (1)
nortest (1)
notame (1)
Nozzle.R1 (1)
np (0)
NPARC (57)
npde (1)
npGSEA (61)
nphRCT (1)
npsurv (2)
NTW (54)
nucleoSim (59)
nucleR (81)
nuCpos (53)
nudge (11)
nullranges (172)
numbat (8)
numbers (1)
numDeriv (2)
NuPoP (73)
NxtIRFcore (15)
nycflights13 (1)

O

oaqc (1)
occugene (51)
oce (1)
OceanView (0)
OCplus (80)
octad (57)
od (1)
odbc (24)
oddsratio (0)
ODER (12)
odseq (66)
odyproteomicsValidator (1)
officedown (1)
officer (25)
OGRE (56)
OGSA (7)
OHCA (1)
oligo (1656)
oligoClasses (1700)
OLIN (94)
OLINgui (58)
OlinkAnalyze (1)
olsrr (1)
omada (43)
OmaDB (205)
omicade4 (153)
OmicCircos (187)
omicplotR (61)
omicRexposome (60)
omicsbase (0)
OmicsLonDA (21)
OmicsMarkeR (8)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (62)
omicsPrint (55)
omicsViewer (53)
Omixer (55)
omnibus (1)
OmnipathR (534)
ompBAM (105)
ompr (1)
ompr.roi (1)
Onassis (10)
onbrand (1)
OncoBayes2 (1)
oncomarkerbase (1)
oncomix (52)
oncoscanR (47)
OncoScore (57)
OncoSimulR (61)
oneChannelGUI (13)
onechannelgui (0)
oneSENSE (19)
onlineFDR (48)
ontoCAT (12)
ontologyIndex (21)
ontologyPlot (1)
ontoProc (235)
ontoTools (3)
oompaBase (4)
oompaData (4)
opdisDownsampling (1)
openCyto (667)
openeo (1)
OpenMx (1)
openPrimeR (142)
openPrimeRui (64)
openssl (338)
OpenStats (49)
openxlsx (24)
openxlsx2 (1)
OperaMate (4)
operator.tools (1)
oposSOM (79)
oppar (62)
oppti (47)
optextras (1)
OptiLCMS (1)
optimalFlow (60)
optimParallel (1)
optimr (1)
optimx (15)
optmatch (2)
optparse (40)
optpart (1)
optweight (1)
OPWeight (53)
orca (1)
OrderedList (81)
orderedlist (1)
ordinal (2)
ore (1)
ORFhunteR (54)
ORFik (203)
org.Ag.eg.db (1)
org.At.tair.db (1)
org.Bt.eg.db (1)
org.Ce.eg.db (1)
org.Cf.eg.db (1)
org.Dm.eg.db (1)
org.Dr.eg.db (1)
org.Gg.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (16)
org.Hs.eg.dB (1)
org.Hs.eg.db.html (0)
org.Mm.eg.db (13)
org.Mmu.eg.db (1)
org.Psativumv2.eg.db (1)
org.Pt.eg.db (1)
org.Rn.eg.db (10)
org.Sc.sgd.db (1)
org.Ss.eg.db (1)
org.Xl.eg.db (1)
Organism.dplyr (426)
OrganismDbi (3218)
oricvis (1)
orientlib (1)
origami (1)
orthogene (329)
Orthology.eg.db (1)
orthopolynom (1)
orthos (36)
OSAT (68)
OSCA (5)
OSCA.advanced (16)
OSCA.basic (18)
OSCA.intro (57)
OSCA.multisample (19)
OSCA.workflows (35)
Oscope (90)
oskeyring (1)
osmdata (15)
osprey (1)
osqp (2)
OTUbase (64)
OutlierD (14)
outliers (1)
OUTRIDER (204)
OutSplice (49)
overlapping (1)
OVESEG (51)

P

PAA (69)
PACKAGE (1)
packcircles (1)
packer (1)
packFinder (54)
packrat (34)
pacman (1)
padma (47)
PADOG (250)
padr (1)
pagedown (2)
pageRank (55)
pagoda2 (1)
PAIRADISE (81)
paircompviz (63)
PairedData (1)
pairedGSEA (46)
pairkat (57)
pairseqsim (2)
pairwiseComparisons (0)
pak (3)
paletteer (6)
Palimpsest (0)
palmerpenguins (1)
palr (1)
pals (2)
pammtools (1)
pamr (6)
pan (1)
pandaR (127)
pander (3)
pandoc (1)
panelcn.mops (83)
panelr (1)
PAnnBuilder (13)
PanomiR (67)
panp (59)
PANR (59)
PanViz (41)
PanVizGenerator (9)
PAPi (18)
paquet (1)
paradox (1)
parallel (1)
parallelly (129)
parallelMap (1)
parallely (0)
param6 (1)
parameters (8)
ParamHelpers (0)
parathyroidSE (1)
parcats (1)
pareg (53)
parglms (52)
parody (102)
parquetize (1)
parrallely (0)
parsedate (3)
parsnip (16)
partCNV (33)
partitions (1)
party (20)
partykit (3)
pasilla (1)
PAST (48)
pastecs (0)
PASWR (1)
patch (1)
patchwork (59)
Path2PPI (60)
pathfindR.data (1)
pathifier (119)
PathInterpolatR (1)
pathlinkR (18)
PathNet (70)
PathoStat (82)
pathprint (7)
pathRender (62)
pathVar (23)
pathview (4367)
pathwayPCA (77)
PathwaySplice (7)
PatientGeneSets (2)
patientProfilesVis (1)
patrick (1)
paws (15)
paws.analytics (15)
paws.application.integration (15)
paws.common (71)
paws.compute (28)
paws.cost.management (15)
paws.customer.engagement (15)
paws.database (15)
paws.developer.tools (15)
paws.end.user.computing (15)
paws.machine.learning (15)
paws.management (15)
paws.networking (15)
paws.security.identity (15)
paws.storage (68)
paxtoolsr (84)
pbapply (44)
Pbase (10)
pbcmc (5)
pbdZMQ (2)
PBIR (0)
pbivnorm (1)
pbkrest (0)
pbkrtest (44)
pbmcapply (1)
pbmcref.SeuratData (1)
PBSddesolve (1)
PBSmapping (1)
pbv (1)
pcaExplorer (470)
pcaGoPromoter (14)
pcalg (1)
pcaMethods (5177)
PCAmixdata (0)
PCAN (58)
pcaPP (17)
PCAtools (1191)
PCDimension (1)
pch (1)
PCICt (1)
pcot2 (15)
PCpheno (15)
pcse (1)
pctGCdata (0)
pcxn (50)
pd.atdschip.tiling (0)
pd.clariom.s.human (1)
pd.hg.u133.plus.2 (0)
pd.hta.2.0 (1)
pd.mouse430.2 (0)
PDATK (98)
pdfCluster (1)
pdftools (8)
pdInfoBuilder (118)
pdist (1)
pdmclass (12)
pdp (1)
PeacoQC (223)
peakPantheR (60)
peakPick (0)
pec (1)
PECA (64)
peco (49)
pedigree (0)
pedigreemm (1)
Pedixplorer (13)
pegas (1)
pegboard (0)
PEIP (1)
penalized (1)
pengls (43)
peperr (0)
PepsNMR (121)
pepStat (53)
Peptides (1)
pepXMLTab (62)
PERFect (38)
performance (8)
PerformanceAnalytics (1)
periodicDNA (49)
perm (8)
permimp (1)
permute (3)
perturbatr (7)
PFAM.db (12)
pfamAnalyzeR (254)
PFIM (1)
PFP (14)
PGA (11)
pga (0)
pgca (50)
pgirmess (1)
PGSEA (50)
pgUtils (3)
pgxRpi (17)
phangorn (2)
phantasus (159)
phantasusLite (42)
PharmacoGx (278)
pharmaRTF (1)
pharmaversesdtm (1)
pheatmap (1)
phemd (33)
phenoDist (12)
PhenoGeneRanker (43)
phenomis (57)
phenopath (91)
phenoTest (137)
PhenStat (62)
PheWAS (0)
philentropy (2)
philr (181)
PhIPData (100)
phonTools (1)
phosphonormalizer (51)
phosphoricons (6)
PhosR (113)
phyclust (1)
phylobase (1)
phylocanvas (0)
phylogram (0)
phylolm (1)
PhyloProfile (75)
phyloseq (5504)
phylosignal (1)
phylotools (0)
phyr (1)
phytools (4)
Pi (68)
piano (472)
pickgene (52)
PICS (114)
Pigengene (120)
pillar (85)
pim (0)
pimeta (1)
pinfsc50 (1)
PING (70)
pingr (9)
pins (29)
pint (11)
pio (0)
pipebind (1)
pipeComp (54)
pipeFrame (167)
pipeR (1)
PIPETS (14)
Pirat (2)
PIUMA (13)
pixmap (7)
PK (1)
pkgbuild (111)
pkgcache (10)
pkgconfig (3)
pkgdepends (11)
pkgDepTools (21)
pkgdeptools (0)
pkgdown (49)
pkgKitten (1)
pkglite (1)
pkgload (241)
pkgmaker (2)
pkgpub (1)
pkgsearch (1)
PKI (1)
PKNCA (1)
PKPDdatasets (1)
PKPDmodels (1)
PKreport (1)
planet (186)
planttfhunter (58)
plasmut (30)
plateCore (14)
plethy (22)
plgem (112)
plier (116)
plm (1)
PLNmodels (1)
PloGO2 (64)
plogr (1)
plot3D (2)
plot3Drgl (0)
plotfunctions (1)
plotgardener (336)
plotGrouper (50)
plotly (134)
plotlyGeoAssets (1)
plotmm (1)
plotmo (1)
plotrix (11)
plotROC (1)
PLPE (57)
plpe (0)
plrs (13)
pls (2)
PLSDAbatch (17)
plumber (18)
plw (14)
plyinteractions (43)
plyr (138)
plyranges (1274)
PMA (1)
pmartR (1)
PMCMRplus (2)
pmforest (1)
pmm (46)
pmml (1)
pmp (121)
pmparams (1)
pmplots (1)
pmtables (1)
pmxTools (1)
png (40)
PoDCall (48)
podkat (54)
pogos (62)
poibin (1)
poilog (1)
pointblank (1)
PoissonSeq (0)
poLCA (1)
polspline (3)
Polychrome (0)
polyclip (78)
polycor (1)
polyCub (1)
polyester (122)
Polyfit (9)
polynom (3)
PolynomF (1)
polysat (0)
POMA (92)
pool (8)
poolfstat (0)
poorman (1)
PopED (1)
poppr (1)
PossibilityCurves (2)
POST (8)
posterior (12)
PoTRA (7)
PowerExplorer (7)
poweRlaw (8)
powerTCR (380)
PowerTOST (1)
POWSC (62)
powsimR (1)
ppcor (1)
ppcseq (50)
PPInfer (135)
ppiStats (16)
pqsfinder (91)
prabclus (2)
pracma (28)
prada (21)
praise (1)
pram (49)
preAnomalyDetectionCredLife (1)
prebs (71)
PreciseSums (1)
preciseTAD (60)
PrecisionTrialDrawer (7)
precommit (1)
PREDA (84)
prediction (1)
predictionet (14)
predint (1)
PReMiuM (0)
preproc.iquizoo (1)
preprocessCore (14099)
preprocesscore (0)
PreprocessCore (0)
preprocessorCore (1)
PresenceAbsence (0)
preseqR (0)
presser (1)
presto (1)
prestor (1)
prettycode (1)
prettydoc (1)
prettymapr (1)
prettyunits (166)
primeviewcdf (2)
primeviewprobe (2)
primirTSS (59)
PrInCE (59)
princurve (1)
printr (1)
prioritylasso (1)
prismatic (2)
PRISMselector (1)
Prize (8)
proActiv (64)
proBAMr (55)
proBatch (29)
pROC (50)
PROcess (92)
processCore (0)
processx (237)
procoil (63)
ProCoNA (13)
procs (1)
proDA (240)
prodlim (43)
productplots (1)
proffer (1)
proFIA (13)
profile (0)
profileModel (1)
profileplyr (232)
profileScoreDist (50)
profmem (1)
profvis (29)
progeny (416)
ProgMan (1)
progress (90)
progressr (46)
proj (0)
PROJ (5)
proj4 (19)
ProjecTILs (1)
projectR (111)
projpred (1)
pRoloc (263)
pRolocdata (10)
pRolocGUI (88)
PROMISE (104)
promise (1)
promises (175)
prompt (1)
prompter (1)
PROPER (87)
properties (1)
propr (1)
PROPS (55)
PROreg (1)
Prostar (80)
prostar (0)
prot2D (12)
proteasy (27)
proteinProfiles (55)
ProteoDisco (53)
ProteomicsAnnotationHubData (10)
proteomixr (1)
ProteoMM (79)
proteoQC (9)
protGear (56)
ProtGenerics (11686)
proto (1)
protoarrayr (1)
protolite (1)
protr (12)
protti (1)
protViz (1)
proxy (2)
proxyC (2)
PRROC (6)
pryr (13)
ps (222)
PSCBS (7)
pscl (1)
PSEA (43)
psichomics (73)
PSICQUIC (23)
PSMatch (563)
PsNR (1)
pspearman (1)
pspline (1)
psych (83)
psychometric (6)
psychotools (1)
psychotree (1)
psychTools (1)
psygenet2r (73)
ptairMS (50)
ptw (1)
Publish (1)
PubScore (5)
PullReadAnalysisData (1)
pulsar (1)
pulsedSilac (6)
puma (100)
PupillometryR (1)
PureCN (159)
purr (0)
purrr (138)
purrrlyr (1)
pvac (56)
pvca (248)
pvclust (1)
Pviz (78)
pwalign (977)
PWMEnrich (180)
pwOmics (121)
pwr (1)
pwrEWAS (27)
pxr (0)
pyinit (1)
pzfx (1)

Q

qap (12)
qbaDatabase (1)
qcc (1)
qckitfastq (59)
qcmetrics (98)
qcNvs (0)
QCvis (1)
qdapRegex (1)
qdapTools (1)
QDNAseq (376)
QDNAseq.hg19 (1)
QDNAseq.mm10 (1)
QFeatures (1591)
qgam (1)
qgraph (2)
qicharts (1)
qlcMatrix (14)
qmtools (53)
qpcR (0)
qpcrNorm (65)
qpdf (2)
qpgraph (184)
qPLEXanalyzer (73)
qqconf (9)
qqman (3)
qqplotr (1)
qrcode (1)
qreport (1)
qrng (1)
qrnn (1)
qrqc (23)
qs (7)
QSARdata (1)
qsea (66)
qsmooth (146)
QSutils (70)
qsvaR (129)
qtl (1)
qtl2 (1)
QTLExperiment (34)
Qtlizer (53)
quadprog (2)
QUALIFIER (16)
qualifier (1)
qualpalr (1)
quantable (1)
quanteda (1)
quantiseqr (445)
quantmod (14)
QuantPsyc (1)
quantreg (69)
quantro (347)
quantsmooth (627)
quarto (8)
QuartPAC (63)
QuasR (357)
QuaternaryProd (75)
QUBIC (137)
questionr (2)
QuickJSR (4)
qusage (396)
qvalue (17129)
qvcalc (1)
qwraps2 (1)

R

r (1)
r-limma (1)
R.cache (2)
R.devices (8)
R.filesets (8)
R.huge (6)
R.matlab (0)
R.methodsS3 (6)
R.oo (45)
R.rsp (1)
R.utils (102)
R2admb (1)
r2d2 (1)
r2d3 (1)
R2GUESS (1)
R2HTML (1)
R2jags (1)
R2OpenBUGS (1)
r2rtf (1)
R2wd (1)
R2WinBUGS (1)
R3CPET (56)
r3Cseq (88)
R453Plus1Toolbox (68)
R4RNA (626)
R6 (29)
rAccess (1)
radarchart (1)
radiant (1)
radiant.data (1)
radiant.model (1)
radiator (1)
RadioGx (66)
raer (34)
ragg (157)
RaggedExperiment (935)
RAIDS (37)
rain (91)
rainbow (9)
rama (16)
rAmCharts (1)
RamiGO (11)
ramr (47)
ramwas (129)
randomcoloR (6)
randomcolor (1)
RandomFields (0)
RandomFieldsUtils (0)
randomForest (3)
randomForestSRC (1)
randomizr (1)
randomNames (1)
RandomWalkRestartMH (105)
randPack (57)
randRotation (45)
randtests (1)
randtoolbox (1)
rangeModelMetadata (1)
ranger (13)
RankAggreg (1)
RankProd (289)
rankprod (1)
RANN (1)
rapiclient (1)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
rapidoc (1)
RApiSerialize (7)
rappdirs (4)
rapportools (1)
RAREsim (44)
RareVariantVis (63)
Rariant (15)
rARPACK (6)
Rarr (128)
raster (29)
rasterVis (1)
ratelimitr (1)
RAthena (12)
rattle (1)
rawDiag (10)
rawrr (208)
rayimage (1)
rayrender (1)
rayvertex (1)
RbcBook1 (101)
Rbec (54)
rbenchmark (1)
RBesT (1)
RBGL (9454)
rbgl (1)
rbibutils (44)
rbioapi (3)
RBioFormats (120)
RBioinf (65)
rbioinfcookbook (1)
rBiopaxParser (171)
rbiopaxparser (1)
rBLAST (25)
RBM (60)
rbmi (1)
rbokeh (1)
Rbowtie (513)
Rbowtie2 (307)
rbsurv (65)
Rbwa (102)
Rcade (20)
Rcapture (1)
rcartocolor (1)
RCAS (132)
RCASPAR (53)
RccpTOML (0)
rcdk (12)
RCdk (0)
rcdklibs (12)
rcellminer (66)
rCGH (112)
Rcgmin (1)
Rchemcpp (14)
Rchoice (1)
RchyOptimyx (15)
RCircos (0)
RcisTarget (836)
RClickhouse (1)
rclipboard (5)
RCM (64)
rcmdcheck (16)
Rcmdr (1)
RcmdrMisc (1)
Rcollectl (31)
RColorBrewer (15)
rcompanion (1)
rcorpora (1)
Rcpi (121)
Rcpp (287)
rcpp (1)
RcppAlgos (1)
RcppAnnoy (41)
RcppArmadillo (201)
RcppCCTZ (1)
RcppClassic (0)
RcppDate (1)
RcppDE (1)
RcppDist (1)
RcppEigen (136)
RcppEnsmallen (1)
RcppGSL (4)
RcppHNSW (21)
RcppML (6)
RcppNumerical (1)
RcppParallel (17)
RcppProgress (1)
RcppRoll (1)
RcppSimdJson (2)
RcppSpdlog (1)
RcppThread (3)
RcppTOML (18)
RcppZiggurat (6)
Rcsdp (1)
RCSL (37)
RCurl (131)
RCurl.back (0)
Rcwl (106)
RcwlPipelines (97)
RCX (95)
RCy3 (953)
RCyjs (76)
RCytoscape (12)
Rd2roxygen (0)
rda (0)
RDAVIDWebService (33)
Rdbi (4)
RdbiPgSQL (2)
RDCOMClient (1)
rdd (1)
rdflib (1)
rDGIdb (78)
Rdimtools (1)
Rdisop (454)
rdocx (1)
Rdpack (44)
rdrop2 (1)
RDRToolbox (126)
Rdsdp (1)
reactable (3)
reactlog (1)
reactome.db (10)
ReactomeContentService4R (106)
ReactomeGraph4R (46)
ReactomeGSA (223)
ReactomePA (2401)
reactR (15)
readat (8)
readbitmap (1)
reader (1)
readJDX (1)
readODS (1)
ReadqPCR (196)
readr (103)
readstata13 (1)
readxl (89)
rearrr (1)
reb (13)
REBayes (1)
REBET (46)
rebook (162)
receptLoss (45)
recipes (58)
reclin (1)
recommenderlab (7)
reconsi (52)
recosystem (7)
recount (400)
recount3 (309)
recountmethylation (65)
recoup (57)
reda (1)
REddyProc (1)
RedeR (333)
RedisParam (45)
redland (1)
redoc (1)
REDseq (84)
redux (1)
RefFreeEWAS (1)
refinr (1)
RefManageR (1)
RefNet (13)
RefPlus (39)
refund (1)
RegEnrich (103)
reghelper (1)
regionalpcs (38)
RegionalST (44)
regioneR (2056)
regioneReloaded (49)
regionReport (129)
registry (1)
RegParallel (1)
regress (1)
regsplice (53)
regutools (62)
relaimpo (1)
relations (1)
reldist (9)
relimp (1)
relsurv (1)
remaCor (5)
rematch (83)
rematch2 (2)
remotes (104)
REMP (71)
renderthis (1)
rentrez (1)
renv (153)
Repitools (305)
report (1)
reporter (1)
reporting (1)
ReportingTools (713)
reposTools (1)
repr (3)
reprex (50)
repurrrsive (1)
RepViz (109)
ReQON (44)
reReg (1)
resample (0)
reshape (2)
reshape2 (7)
ResidualMatrix (3470)
RESOLVE (54)
Resourcerer (5)
ResourceSelection (1)
restfulr (9)
restfulSE (118)
reticulate (68)
retrofit (45)
ReUseData (46)
revealgenomics (1)
RevGadgets (1)
review (1)
rex (15)
rexposome (104)
rfaRm (45)
Rfast (16)
Rfast2 (1)
Rfastp (142)
rfcdmin (2)
Rfit (1)
rflowcyt (3)
RFOC (8)
rfPred (58)
rGADEM (303)
RGalaxy (17)
rgbif (1)
RGCCA (0)
rgdal (19)
rGenomeTracks (42)
rgenoud (1)
rgeos (18)
rgexf (1)
Rgin (8)
rgl (3)
Rglpk (2)
rglwidget (1)
RGMQL (51)
rgnparser (1)
RgnTX (46)
RgoogleMaps (6)
rgoslin (73)
rgr (1)
RGraph2js (55)
Rgraphviz (9839)
rgraphviz (1)
rGREAT (674)
RGSEA (68)
rgsepd (51)
rhandsontable (3)
rhdf5 (19735)
Rhdf5 (1)
rhdf5client (149)
rhdf5filters (19080)
Rhdf5lib (23726)
rhino (7)
Rhisat2 (224)
RhpcBLASctl (1)
Rhtslib (24600)
rhtslib (2)
rhub (3)
rHVDM (13)
rhvdm (0)
RiboCrypt (53)
RiboDiPA (52)
RiboProfiling (82)
ribor (49)
riboSeq (0)
riboSeqR (51)
ribosomeProfilingQC (81)
rice (1)
RIdeogram (0)
ridigbio (2)
riem (1)
rifi (41)
rifiComparative (38)
RImmPort (48)
Ringo (322)
RInside (0)
Rintact (2)
rintrojs (3)
rio (10)
RIPAT (26)
RIPSeeker (26)
Risa (72)
RISCA (1)
riskmetric (1)
riskRegression (1)
RITAN (64)
ritis (1)
RItools (1)
RIVER (54)
riverplot (1)
rj (1)
rj.gd (1)
rjags (1)
rJava (63)
RJDBC (1)
RJMCMCNucleosomes (57)
rjson (11)
rjsoncons (1)
RJSONIO (15)
Rlab (0)
Rlabkey (1)
rlang (387)
rlaR (1)
RLassoCox (52)
rle (0)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
rlist (1)
rlistings (1)
RLMM (55)
RLRsim (1)
RLSeq (34)
rly (0)
RMAGEML (3)
Rmagic (1)
Rmagpie (58)
RMAPPER (4)
rmapshaper (1)
RMariaDB (12)
rmarkdown (293)
RMassBank (104)
rmassbank (1)
rMAT (12)
rmatio (1)
rmcorr (1)
rmdformats (1)
rmelting (68)
rmeta (1)
rminer (1)
rmint.sdtm (1)
rmio (1)
RmiR (14)
rMisbeta (1)
Rmisc (1)
Rmmquant (50)
Rmpfr (15)
Rmpi (1)
rms (3)
rmsb (1)
rmspc (56)
RMTstat (1)
rmutil (0)
rMVP (1)
RMySQL (4)
RNAAgeCalc (70)
RNAdecay (40)
rnaEditr (52)
RNAi (1)
RNAinteract (80)
RNAither (17)
RNAmodR (115)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (62)
RNAmodR.Data (1)
RNAmodR.ML (55)
RNAmodR.RiboMethSeq (57)
RNAprobR (7)
RNAsense (46)
rnaseqcomp (60)
RNAseqCovarImpute (33)
RnaSeqGeneEdgeRQL (2)
rnaSeqMap (17)
RNASeqPower (148)
RNASeqR (8)
RnaSeqSampleSize (93)
rnaturalearth (2)
rnaturalearthdata (1)
RnBeads (289)
RnBeads.hg19 (5)
RnBeads.hg38 (5)
RnBeads.mm10 (5)
RnBeads.mm9 (5)
RnBeads.rn5 (5)
rncl (1)
RNetCDF (3)
RNeXML (1)
rngtools (2)
rngWELL (1)
Rnits (55)
rnoaa (1)
RNOmni (1)
roak (1)
roar (61)
roastgsa (32)
robfilter (2)
RobinCar (1)
RobStatTM (1)
robumeta (1)
robust (15)
robustbase (27)
robustlmm (1)
ROC (1037)
ROCit (1)
ROCpAI (45)
ROCR (2)
RODBC (3)
ROI (1)
ROI.plugin.glpk (1)
ROI.plugin.lpsolve (1)
RolDE (51)
Roleswitch (14)
roleswitch (1)
Rolexa (8)
roll (1)
rols (442)
roma (1)
ROntoTools (215)
Rook (1)
rootSolve (14)
ropls (1224)
roptim (0)
ROracle (1)
ROSE (1)
ROSeq (50)
rosettR (1)
rotl (1)
ROTS (211)
round (1)
roxygen (1)
roxygen2 (109)
RPA (106)
rpact (1)
rpart (65)
rpart.plot (1)
RPEGLMEN (1)
RPEIF (1)
RPESE (1)
rpf (1)
RPMG (8)
RPostgres (35)
RPostgreSQL (3)
RPresto (1)
rprimer (75)
rprintf (1)
rprojroot (152)
rpromis (1)
RProtoBuf (1)
RProtoBufLib (2729)
rpsftm (1)
RpsiXML (20)
RPtests (1)
RPushbullet (1)
rpx (269)
Rqc (267)
rqt (51)
rqubic (84)
rr2 (1)
rrapply (1)
rrBLUP (1)
rrcov (18)
rrcovNA (1)
rRDP (65)
Rredland (2)
rredlist (1)
RRHO (94)
RRPP (1)
rrsq (1)
rrvgo (468)
rsample (22)
Rsamtools (23468)
rsamtools (0)
rsatscan (1)
rsbml (156)
RSclient (1)
rsconnect (49)
rScudo (53)
RSEIS (8)
RSelenium (2)
rsemmed (45)
RSeqAn (82)
Rserve (1)
rSFFreader (10)
RSiena (1)
rslurm (1)
rsm (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (0)
Rsmlx.2 (0)
RSNNS (0)
RSNPper (2)
rsnps (1)
Rsolnp (2)
rsparkling (1)
rsparse (1)
RSpectra (4)
Rspectra (1)
rspm (1)
RSQLite (181)
Rssa (0)
RsSimulx (0)
RsSimulx.1 (0)
rstan (16)
rstanarm (1)
rstanemax (1)
rstantools (13)
rstatix (21)
rstpm2 (1)
rstudio (1)
rstudioapi (159)
Rsubread (2242)
rsvd (9)
rsvg (3)
RSVSim (67)
rSWeeP (48)
Rsymphony (1)
rtables (4)
rTANDEM (18)
RTCA (61)
RTCGA (548)
RTCGAToolbox (574)
rtdists (1)
rtf (1)
rticles (1)
rtkore (1)
RTN (174)
RTNduals (82)
RTNsurvival (63)
RTools4TB (2)
RTopper (60)
Rtpca (48)
rtracklayer (21560)
Rtreemix (61)
rTRM (157)
rTRMui (65)
Rtsne (24)
Rttf2pt1 (2)
rtweet (7)
rubasic (1)
Ruchardet (0)
rugarch (2)
runibic (80)
RUnit (9)
runjags (1)
runner (3)
runonce (0)
Runuran (1)
ruODK (1)
rusinglecell (1)
Ruuid (5)
ruv (1)
RUVcorr (59)
RUVnormalize (68)
RUVSeq (934)
RUVseq (0)
RVAideMemoire (1)
Rvcg (1)
rvcheck (2)
RVenn (0)
rversions (33)
rvertnet (1)
rvest (95)
rvg (1)
Rvisdiff (33)
Rvmmin (1)
RVS (52)
RVtests (0)
Rwave (7)
RWebServices (4)
RWiener (1)
rWikiPathways (393)
rworldmap (1)
RxODE (1)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
Ryacas (1)
rzmq (2)

S

s2 (50)
S4Arrays (37283)
S4Vectors (55008)
s4vectors (1)
S4vectors (1)
saemix (1)
safe (632)
safeBinaryRegression (1)
safetyData (1)
safetyexploreR (1)
safetyMarginCalculation (0)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (56)
SAGx (17)
SAIGEgds (76)
samExploreR (8)
sampleClassifier (57)
sampleSelection (1)
sampling (1)
samr (6)
SamSPECTRAL (150)
sandwich (9)
sangeranalyseR (178)
sangerseqR (899)
SANTA (55)
santoku (1)
sapFinder (14)
saps (3)
SARC (35)
sarks (46)
sas7bdat (1)
saseR (15)
sasLM (1)
SASmixed (1)
sass (249)
sassy (1)
SASxport (1)
satchel (1)
satellite (2)
satuRn (275)
SAVER (1)
savR (26)
SBGNview (172)
SBGNview.data (1)
sbgr (2)
SBMLR (68)
SC3 (389)
sc3 (0)
scagnostics (1)
Scale4C (47)
ScaledMatrix (12025)
scales (107)
scAlign (15)
scalreg (1)
scam (1)
SCAN.UPC (164)
scanMiR (80)
scanMiRApp (60)
scAnnotatR (142)
SCANVIS (62)
SCArray (79)
SCArray.sat (50)
SCATE (75)
scater (6896)
scatterD3 (1)
scatterHatch (43)
scattermore (20)
scatterpie (23)
scatterplot3d (23)
scBFA (58)
SCBN (83)
scBubbletree (51)
scCB2 (55)
scClassifR (3)
scClassify (71)
scclusteval (1)
sccomp (99)
sccore (1)
sccs (0)
scCustomize (2)
scda (1)
scda.2021 (1)
scda.2022 (1)
scDataviz (81)
scDblFinder (1427)
ScDblFinder (1)
scDC (0)
scDD (139)
scDDboost (45)
scde (342)
scDesign3 (46)
scDotPlot (1)
scds (501)
SCENIC (1)
sceptre (1)
SCFA (47)
scFeatureFilter (52)
scFeatures (66)
scfind (6)
scGate (1)
scGPS (69)
scGSVA (1)
schex (229)
schoolmath (1)
scHOT (67)
scico (1)
scidb (1)
scider (38)
scifer (54)
Scillus (1)
scImpute (1)
ScISI (21)
scistreer (8)
scJonas (1)
scLinear (0)
scMAGeCK (8)
scmap (255)
scMerge (514)
scMET (50)
scmeth (70)
scMitoMut (13)
scMultiSim (13)
SCnorm (98)
scone (111)
Sconify (57)
SCOPE (55)
SCopeLoomR (1)
scoreInvHap (59)
scoringRules (1)
scp (140)
SCP (1)
scPCA (91)
scPipe (137)
scplot (1)
scran (4770)
scReClassify (47)
scRecover (59)
screenCounter (44)
ScreenR (44)
scRepertoire (412)
scrime (6)
scRNAseq (1)
scRNASeq.spatial (0)
scRNAseqApp (66)
scruff (68)
scry (241)
scrypt (4)
scs (1)
scShapes (48)
scsR (14)
scTensor (124)
scTGIF (154)
scTHI (47)
SCtools (1)
sctransform (17)
scTreeViz (50)
sctrnasform (1)
scuttle (9853)
scviewer (1)
scviR (49)
sda (1)
SDAMS (56)
sdmpredictors (1)
SDMTools (1)
sdpR (1)
sdtmchecks (1)
sechm (153)
secretbase (1)
secrets (1)
see (3)
seewave (0)
segmented (21)
segmenter (57)
segmentSeq (65)
selectKSigs (49)
selectr (1)
SELEX (56)
sem (0)
SemDist (48)
semEff (1)
semisup (50)
SemSim (2)
semsim (0)
semTools (1)
sen2r (1)
sendmailR (2)
sensitivity (1)
sensobol (1)
SEPA (6)
SEPIRA (25)
seq.hotSPOT (40)
seq2pathway (126)
seqArchR (83)
seqArchRplus (52)
SeqArray (915)
seqArray (1)
seqbias (73)
seqCAT (57)
seqCNA (48)
seqcombo (56)
SeqGate (45)
SeqGSEA (148)
seqinr (12)
seqLogo (3685)
seqlogo (0)
seqmagick (1)
seqminer (12)
Seqnames (0)
seqPattern (689)
seqplots (12)
seqsetvis (68)
SeqSQC (102)
seqTools (121)
sequenza (1)
SeqVarTools (454)
seriation (22)
SeruatObject (1)
servr (5)
sesame (696)
sesameData (1)
sessioninfo (16)
set6 (1)
SEtools (146)
setRNG (1)
sets (1)
settings (1)
seurat (1)
Seurat (48)
SeuratData (1)
SeuratDisk (1)
SeuratObject (34)
SeuratWrapper (1)
SeuratWrappers (1)
sevenbridges (66)
sevenC (52)
sf (46)
sfheaders (20)
sfsmisc (4)
sftime (1)
SGCP (112)
sgeostat (1)
SGP (1)
SGSeq (317)
shadowtext (20)
shape (42)
shapefiles (1)
shapes (1)
shapr (0)
SharedObject (156)
ShatterSeek (0)
SHELF (1)
shinipsum (1)
shiny (234)
shiny.fluent (1)
shiny.gosling (19)
shiny.react (1)
shiny.router (1)
shiny.semantic (1)
shinyAce (1)
shinyalert (8)
shinyauth (1)
shinyauthr (1)
shinyBS (9)
shinybusy (12)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (3)
shinydashboardPlus (12)
shinydisconnect (1)
shinyEffects (1)
shinyepico (69)
shinyfeedback (0)
shinyFeedback (1)
shinyFiles (13)
shinyglide (1)
shinyhelper (6)
ShinyItemAnalysis (15)
shinyjqui (1)
shinyjs (5)
shinyloadtest (1)
shinyLP (2)
shinymanager (2)
shinyMatrix (1)
shinyMethyl (110)
shinyMobile (1)
shinypanel (7)
shinyscreenshot (4)
shinySelect (0)
shinystan (1)
shinyTANDEM (13)
shinytest (1)
shinytest2 (12)
shinythemes (2)
shinytoastr (1)
shinyTree (3)
Shinyusagelogr (1)
shinyvalidate (51)
shinyWidgets (92)
ShortRead (6316)
shortread (0)
showimage (1)
showtext (2)
showtextdb (1)
SIAMCAT (113)
SICtools (48)
SID (1)
sidap (0)
sigaR (15)
SigCheck (59)
sigclust (1)
sigFeature (215)
Sigfried (1)
SigFuge (60)
siggenes (3297)
sights (55)
Signac (12)
signac (1)
signal (1)
signature.tools.lib (0)
signature.tools.lib.back (0)
signature.tools.lib.v2.1 (0)
signature.tools.lib.v2.1.2 (0)
signatureSearch (223)
signeR (75)
signet (7)
signifinder (54)
SignifReg (0)
sigPathway (26)
sigpathway (0)
SigsPack (52)
sigsquared (53)
SIM (54)
SIMAT (56)
SimBindProfiles (52)
SimBu (76)
SimComp (1)
SIMD (53)
SimDesign (1)
simex (1)
SimFFPE (46)
similaRpeak (61)
SimInf (1)
SIMLR (248)
SimMultiCorrData (0)
simona (55)
simpar (1)
simPIC (13)
simpleaffy (100)
simplermarkdown (1)
simpleSeg (71)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (771)
simputation (1)
simr (1)
simresults (1)
SimSeq (0)
simsurv (1)
simulatorAPMS (3)
simulatorZ (9)
sincell (61)
single (44)
SingleCellAlleleExperiment (14)
SingleCellExperiment (14922)
SingleCelLExperiment (0)
SingleCellSignalR (253)
singleCellTK (259)
SingleMoleculeFootprinting (54)
SingleR (3952)
singleR (0)
SingleRBook (3)
singscore (1294)
SiPSiC (47)
sirnakit (1)
SIS (1)
siscreener (1)
SISPA (27)
sitadela (50)
sitePath (57)
sitmo (8)
sizepower (63)
SJava (5)
sjlabelled (1)
sjmisc (1)
sjPlot (1)
sjstats (1)
SKAT (12)
sketchR (14)
SkewHyperbolic (2)
skewr (45)
skewt (1)
skimr (1)
skmeans (1)
slackr (0)
slalom (118)
slam (3)
sleuth (1)
SLGI (16)
slickR (0)
slider (17)
slingshot (1468)
slinky (6)
sloop (1)
slopeR (1)
SLqPCR (63)
sm (1)
smacof (1)
SMAD (50)
SMAP (44)
smartdata (0)
SmartEDA (1)
smartid (12)
smcfcs (1)
smfishHmrf (1)
SMITE (57)
smldesign (1)
smooth (1)
smoothclust (12)
smoother (0)
smoothHR (0)
smotefamily (1)
SMVar (7)
sn (13)
sna (2)
SNAData (2)
SNAGEE (57)
snakecase (19)
SnapATAC (1)
snapCGH (102)
snapcount (59)
snifter (137)
snm (167)
snow (11)
SnowballC (4)
snowfall (1)
snpar (1)
SNPchip (20)
SNPediaR (53)
SNPhood (61)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (0)
snpMatrix (9)
snpmatrix (1)
SNPRelate (1641)
snpStats (2277)
SOAR (0)
sodium (12)
softImpute (1)
soGGi (353)
soilDB (1)
sojourner (11)
solrium (1)
som (1)
SomaDataIO (1)
SomatiCA (10)
SomaticSignatures (179)
SomaVarDB (1)
SOMbrero (1)
sommer (1)
SOMNiBUS (58)
sortable (5)
sos (0)
soundecology (0)
SoupX (1)
sourcetools (41)
sp (94)
spacefillr (1)
SpaceMarkers (14)
SpacePAC (98)
spacetime (1)
SPACox (0)
spacrt (1)
spade (11)
spam (5)
spam64 (1)
spaMM (1)
Spaniel (79)
sparkline (1)
sparklyr (12)
SPARQL (1)
sparrow (121)
SparseArray (27070)
sparsebn (1)
sparseDOSSA (34)
SparseGrid (1)
SparseM (20)
sparseMatrixStats (15596)
sparsenetgls (49)
sparsepca (1)
SparseSignatures (57)
sparsesvd (18)
spaSim (61)
spatial (39)
SpatialCPie (74)
spatialDE (105)
SpatialDecon (176)
SpatialEpi (1)
SpatialExperiment (2053)
SpatialFeatureExperiment (160)
spatialHeatmap (172)
SpatialOmicsOverlay (67)
spatialreg (1)
spatstat (3)
spatstat.core (14)
spatstat.data (20)
spatstat.explore (29)
spatstat.geom (37)
spatstat.linnet (3)
spatstat.model (3)
spatstat.random (34)
spatstat.sparse (20)
spatstat.utils (23)
spatsurv (1)
spatzie (48)
spd (1)
spData (12)
spdata (1)
spdep (3)
spec (1)
speckle (164)
specL (61)
SpeCond (72)
spectacles (1)
Spectra (1620)
SpectralTAD (79)
speedglm (1)
SPEI (1)
spelling (2)
SPEM (78)
spgs (1)
SPIA (655)
SPIAT (109)
spicyR (186)
SpidermiR (76)
spikeLI (50)
spiky (45)
spillR (17)
spkTools (55)
splancs (9)
splatter (434)
splicegear (13)
spliceR (15)
spliceSites (15)
SpliceWiz (85)
SplicingFactory (43)
SplicingGraphs (91)
splines (1)
splines2 (1)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (68)
SPLINTER (59)
splitTools (1)
splots (208)
spls (1)
splus2R (2)
spocc (1)
SPONGE (52)
spoon (13)
SpotClean (90)
SPOTlight (233)
spotSegmentation (12)
SpotSweeper (11)
SPP (1)
spp (1)
spqn (48)
spsComps (1)
SPsimSeq (149)
SQLDataFrame (53)
sqldf (1)
SQUADD (45)
squallms (1)
SQUAREM (2)
sRACIPE (64)
SRAdb (389)
sradb (1)
sRAP (14)
SRGnet (7)
srnadiff (57)
sROC (0)
ssanv (1)
sscore (30)
sscu (51)
SSDM (1)
sSeq (174)
ssh (1)
ssh.utils (0)
ssize (92)
sSNAPPY (117)
SSPA (67)
ssPATHS (45)
ssrch (80)
ssviz (56)
stable (0)
stabledist (1)
stabs (1)
stageR (181)
stam (2)
STAN (15)
standR (120)
StanHeaders (17)
staRank (65)
StarBioTrek (51)
stargazer (1)
Starr (14)
stars (5)
starter (1)
startup (5)
startupmsg (0)
StatCharrms (1)
STATegRa (63)
Statial (65)
statip (0)
statmod (3)
statnet (1)
statnet.common (2)
stats (1)
stats4 (1)
statsExpressions (2)
statTarget (97)
STdeconvolve (130)
stdmchecks (1)
stdReg (1)
stepNorm (57)
stepwiseCM (10)
stevedore (1)
sticky (0)
stinepack (2)
stJoincount (54)
stopwords (1)
storr (1)
strandannotate (1)
strandCheckR (54)
Streamer (62)
strex (1)
string (1)
STRINGdb (1178)
stringdist (21)
stringfish (6)
stringi (258)
stringr (190)
striprtf (1)
STROMA4 (30)
strucchange (1)
struct (153)
Structstrings (157)
structToolbox (109)
StructuralVariantAnnotation (216)
structuralvariantannotation (1)
stxBrain.SeuratData (1)
styler (67)
SubCellBarCode (55)
subplex (1)
subselect (1)
subSeq (70)
SUITOR (43)
SummarizedBenchmark (49)
SummarizedExperiment (38239)
summarizedExperiment (1)
summarytools (1)
Summix (41)
sunburstR (0)
superheat (0)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supersigs (58)
SuppDists (1)
supraHex (432)
surfaltr (46)
SurfR (12)
survClust (2)
survcomp (1077)
surveillance (1)
survex (1)
survey (5)
survival (165)
survivalROC (1)
survminer (3)
survMisc (2)
survMS (1)
survPen (1)
survPresmooth (1)
survtype (55)
Sushi (58)
susieR (20)
sva (7116)
svaNUMT (59)
SVAPLSseq (7)
svaRetro (59)
svd (1)
svDialogs (1)
svglite (28)
svGUI (1)
SVM2CRM (7)
SVMDO (101)
svMisc (1)
svUnit (1)
swagger (1)
swamp (1)
SWATH2stats (60)
SwathXtend (69)
swfdr (60)
Swiffer (1)
SwimR (11)
swirl (1)
switchBox (122)
switchde (57)
sybil (1)
sybilGUROBI (1)
sybilSBML (1)
sylly (1)
sylly.en (1)
symengine (1)
symphony (1)
synapser (1)
synapsis (44)
synapter (110)
synbreed (1)
synergyfinder (186)
SynExtend (55)
synlet (50)
SynMut (49)
syntenet (125)
Synth (1)
sys (136)
sysfonts (2)
systemfit (1)
systemfonts (217)
systemPipeR (1198)
systempiper (1)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (61)
systemPipeTools (52)
syuzhet (1)

T

table1 (2)
tableHTML (1)
tableone (1)
tables (2)
tabulizer (1)
tabulizerjars (1)
tadar (41)
TADCompare (80)
TailRank (4)
tanggle (64)
TAPseq (57)
tarchetypes (6)
target (49)
TargetDecoy (47)
targets (7)
TargetScore (68)
TargetSearch (71)
targetsearch (0)
TarSeqQC (13)
taskscheduleR (1)
TauStar (1)
taxize (1)
taxonomizr (1)
TBSignatureProfiler (70)
TCC (200)
TCCGUI (1)
TCGAbiolinks (3628)
TCGAbiolinksGUI (25)
TCGAbiolinksGUI.data (1)
TCGAplot (1)
TCGAutils (849)
tcltk (1)
tcltk2 (1)
tclust (1)
TCseq (164)
TDARACNE (17)
TDbasedUFE (76)
TDbasedUFEadv (63)
TeachingDemos (1)
teal (1)
teal.builder.modules (1)
teal.code (1)
teal.data (2)
teal.logger (1)
teal.modules.clinical (1)
teal.modules.general (1)
teal.modules.sanofi (1)
teal.osprey (1)
teal.reporter (1)
teal.slice (2)
teal.transform (1)
teal.widgets (1)
TEKRABber (115)
templater (1)
tensor (1)
tensorA (10)
tensorflow (18)
TENxIO (53)
TENxPBMCData (1)
tenXplore (50)
TEQC (69)
tergm (1)
tern (2)
tern.gee (1)
tern.mmrm (1)
tern.rbmi (1)
ternarynet (58)
terra (44)
terraTCGAdata (54)
tesseract (1)
tester (1)
testit (1)
testthat (245)
texreg (2)
text2vec (1)
textfeatures (1)
textrecipes (1)
textshape (1)
textshaping (109)
TFARM (50)
tfautograph (1)
TFBSTools (3336)
tfbstools (0)
tfdatasets (1)
TFEA.ChIP (70)
TFHAZ (55)
TFisher (1)
TFMPvalue (8)
tfrmt (1)
tfruns (14)
tfse (1)
TFutils (77)
tgp (1)
tgxWebservices (0)
TH.data (60)
thematic (5)
themeSanofi (1)
themis (1)
this.path (1)
threejs (1)
ThresholdROC (1)
tibbke (1)
tibble (85)
tictoc (6)
tidybayes (1)
tidybulk (217)
tidycensus (24)
tidyclust (1)
tidycmprsk (1)
tidyCoverage (14)
tidydr (1)
tidyFlowCore (3)
tidyfst (1)
tidygraph (29)
tidyHeatmap (1)
tidyjson (0)
tidylog (1)
tidymodels (15)
tidyomics (18)
tidyposterior (1)
tidypredict (1)
tidyproteomics (1)
tidyquant (1)
tidyr (161)
tidyrules (1)
tidyselect (123)
tidySEM (1)
tidyseurat (1)
tidySingleCellExperiment (206)
tidySpatialExperiment (18)
tidySummarizedExperiment (330)
tidyterra (1)
tidytext (4)
tidytlg (0)
tidytree (46)
tidyTree (1)
tidyverse (19)
tidyvpc (1)
tidyxl (1)
tiff (4)
tigre (60)
tigris (23)
tikzDevice (1)
tiledb (1)
TileDBArray (59)
tiledbsoma (1)
tilingArray (145)
timechange (109)
timecourse (74)
timeDate (34)
timeOmics (72)
TimeProjection (1)
timereg (1)
TimerQuant (0)
timescape (77)
timeSeries (7)
TimeSeriesExperiment (10)
timetk (2)
TimiRGeN (58)
Timma (1)
TIN (52)
TINC (0)
tinkr (0)
tinysnapshot (1)
tinytest (1)
tinytex (297)
tippy (1)
tis (1)
TissueEnrich (171)
TitanCNA (81)
titanic (1)
tkrgl (0)
tkrplot (1)
tkWidgets (1295)
tkwidgets (1)
tldrm (1)
TLMoments (1)
tLOH (48)
tm (2)
tmap (1)
TMB (33)
TMixClust (69)
tmle (1)
tmvnsim (1)
tmvtnorm (1)
TNBC.CMS (50)
TNO (1)
TNRS (1)
TnT (40)
TOAST (387)
toastui (1)
tofsims (9)
tokenizers (3)
tokupika (1)
tolerance (1)
tomoda (44)
tomoseqr (46)
tools (1)
toOrdinal (1)
TOP (49)
ToPASeq (8)
topconfects (169)
topdownr (76)
topGO (3030)
topgo (0)
topicmodels (1)
torch (1)
tornado (1)
ToxicoGx (69)
Tplyr (2)
TPP (98)
TPP2D (54)
tpSVG (13)
tracee (1)
tracktables (138)
trackViewer (493)
trackviewer (1)
tradeSeq (504)
tradeseq (1)
traits (1)
TrajectoryGeometry (42)
TrajectoryUtils (1894)
tram (1)
TraMineR (0)
transcriptogramer (61)
transcriptR (71)
transformGamPoi (77)
transformr (1)
transite (56)
translations (1)
tRanslatome (134)
transmogR (14)
transomics2cytoscape (52)
transport (1)
TransView (57)
TraRe (6)
traseR (53)
Travel (4)
traviz (59)
tree (1)
TreeAndLeaf (130)
treeclimbR (14)
treeio (19941)
treekoR (60)
treemap (1)
treemapify (1)
treespace (1)
TreeSummarizedExperiment (1665)
TREG (47)
trena (36)
TReNA (2)
Trendy (61)
TRESS (96)
triangle (1)
tricycle (230)
triebeard (4)
triform (15)
trigger (64)
trimcluster (0)
trio (101)
tripack (1)
triplex (57)
tripr (51)
tRNA (142)
tRNAdbImport (116)
tRNAscanImport (75)
TRONCO (73)
trtf (1)
truncdist (1)
truncnorm (4)
truncreg (1)
trust (0)
tryCatchLog (0)
TSAR (29)
TSCAN (622)
tscR (17)
tseries (8)
tseriesChaos (0)
tsfeatures (3)
tsibble (1)
tsibbledata (1)
tsModel (1)
tsna (0)
tsne (2)
tsoutliers (1)
TSP (17)
tspair (16)
TSRchitect (11)
TSSi (14)
ttdo (0)
ttgsea (84)
TTMap (50)
TTR (5)
ttservice (1)
tufte (1)
tune (15)
tuneR (0)
tuneRanger (1)
TurboNorm (64)
Turnover.cells.pSILAC.TMT (1)
TVTB (62)
twang (1)
twangContinuous (1)
tweeDEseq (138)
tweedie (1)
tweenr (23)
twilight (110)
twoddpcr (56)
TwoSampleMR (0)
twosamples (1)
txcutr (48)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (6)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene (0)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene (6)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene (1)
txdbmaker (616)
tximeta (1150)
tximport (3359)
tximportDat (1)
tximportData (1)
TxRegInfra (7)
txtq (1)
TypeInfo (51)
tzdb (74)

U

uatools (1)
UCell (1285)
uchardet (1)
ucminf (3)
UCSC.utils (6083)
udunits2 (1)
ufs (1)
Ularcirc (65)
umap (13)
UMI4Cats (59)
unbalanced (0)
uncoverappLib (57)
UNDO (68)
Unicode (1)
unifiedWMWqPCR (50)
unigd (1)
UniProt.ws (426)
uniqueAtomMat (0)
Uniquorn (58)
unitizer (1)
units (54)
universalmotif (561)
unmarked (1)
unrtf (1)
updateObject (46)
UPDhmm (11)
UpSetR (1)
uqot (1)
urca (6)
urlchecker (1)
urltools (1)
uroot (0)
usdm (1)
useful (1)
usethis (108)
usmap (1)
usmapdata (1)
uSORT (51)
UTAR (0)
utf8 (212)
utils (1)
utilsRmd (1)
utilsStuff (1)
uuid (161)
uwot (59)

V

V.PhyloMaker2 (1)
V8 (26)
VAExprs (47)
validate (1)
valr (1)
VAM (1)
VanillaICE (198)
vaplot (1)
vapour (0)
VarCon (45)
variables (1)
variancePartition (952)
VariantAnnotation (9471)
variantannotation (1)
VariantExperiment (49)
VariantFiltering (89)
VariantTools (169)
VariantWarehouseBMS (1)
varImp (1)
vars (1)
vasp (4)
VaSP (59)
vaultr (1)
vbmp (77)
VBsparsePCA (1)
vcd (3)
VCFArray (60)
vcfR (1)
vcr (1)
vctrs (302)
vdbR (1)
vdiffr (2)
VDJdive (50)
Vega (13)
VegaMC (55)
vegan (9)
vegawidget (1)
velociraptor (123)
velocyto.R (1)
veloviz (50)
vembedr (1)
vendormetadatahelpers (1)
venn (9)
VennDetail (234)
VennDiagram (1)
venneuler (0)
VERSO (49)
VGAM (15)
VGAMextra (1)
vhydeg (0)
VIBER (0)
vidger (100)
VIM (1)
vimp (1)
VineCopula (1)
vioplot (0)
vip (1)
viper (698)
vipor (11)
viridis (156)
viridisLite (98)
viridislite (0)
virtualArray (6)
visdat (1)
ViSEAGO (131)
VisiumIO (15)
visNetwork (3)
visR (1)
vissE (98)
vistime (31)
vitae (1)
Voyager (122)
vpc (1)
VplotR (56)
vroom (152)
vscDebugger (1)
vsclust (52)
vsn (5204)
vtpnet (74)
vulcan (67)

W

waddR (53)
waffle (1)
waiter (11)
wakefield (1)
waldo (150)
wallace (1)
warp (14)
wateRmelon (746)
wavClusteR (64)
waveslim (0)
waveTiling (16)
wdm (1)
wdman (2)
weaver (62)
webbioc (65)
webchem (1)
webdriver (1)
webfakes (1)
WebGestaltR (1)
webmockr (1)
webp (1)
webshot (31)
webshot2 (3)
websocket (1)
webutils (1)
WeightIt (1)
weights (3)
WeightSVM (0)
weitrix (53)
WES.1KG.WUGSC (1)
wesanderson (1)
WGCNA (12)
WGScan (0)
WGSmapp (0)
whereami (0)
whisker (47)
whitening (1)
whoami (1)
widgetInvoke (2)
widgetTools (1296)
widgettools (1)
wiggleplotr (171)
WikidataQueryServiceR (1)
WikidataR (1)
WikipediR (2)
wikitaxa (1)
wildmeta (1)
winboxr (1)
withr (245)
wk (53)
wmtsa (1)
wordcloud (1)
wordcloud2 (1)
workflowr (1)
workflows (14)
workflowsets (14)
WorldFlora (1)
worrms (2)
wpm (57)
wppi (46)
wrapr (1)
Wrench (1663)
writexl (18)
WriteXLS (2)
wrMisc (1)
WRS2 (2)

X

xairadiffex (1)
xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
xbioc (1)
XBSeq (9)
XCIR (5)
xcms (1775)
xcore (49)
XDE (65)
xdg-utils (0)
Xeva (74)
xfun (341)
xgboost (63)
xgxr (1)
XIFF (1)
XINA (46)
XLConnect (1)
XLConnectJars (1)
xlsx (1)
xlsxjars (1)
xmapbridge (57)
xmapcore (3)
XML (103)
xml2 (175)
xmlparsedata (1)
XNAString (52)
xopen (13)
xportr (1)
xpose (1)
xpose.nlmixr2 (1)
xpose4 (1)
xps (16)
xrf (1)
xslt (3)
xtable (2)
xts (20)
XVector (48124)
XVectorb (0)

Y

y2hStat (1)
yaImpute (1)
yaml (139)
yamss (62)
YAPSA (84)
yaqcaffy (15)
yardstick (20)
yarn (136)
ylab.utils (1)
ymlthis (0)
yspec (1)
yulab.utils (53)

Z

zCompositions (9)
zeallot (1)
zellkonverter (1116)
zelusutils (1)
zen4R (1)
zenith (137)
zFPKM (113)
zinbwave (893)
zingeR (1)
zip (148)
Ziploc (1)
zli (1)
zlibbioc (51638)
zoo (30)
ZygosityPredictor (45)